Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,462,973 | T→A | 13.7% | L229Q (CTG→CAG) | lolD → | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,462,973 | 0 | T | A | 13.7% | 137.0 / 15.1 | 51 | L229Q (CTG→CAG) | lolD | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/21); new base A (4/3); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.48e-01 |
CTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTC > NC_002947/2462831‑2463112 | cTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGcc > 2:280582/1‑150 (MQ=255) tCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCa > 2:1075263/1‑150 (MQ=255) caccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGa < 2:1113701/150‑1 (MQ=255) caccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCGGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGa > 1:28547/1‑150 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATc < 2:951720/150‑1 (MQ=255) caTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCg > 1:109371/1‑150 (MQ=255) caTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATcgtcgag < 1:128556/150‑7 (MQ=255) gCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGcc > 1:1090779/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGt > 1:587075/1‑150 (MQ=255) aGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGtg > 1:1193691/1‑150 (MQ=255) aGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGtg < 2:1021552/150‑1 (MQ=255) aGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATc < 1:1152877/125‑1 (MQ=255) aGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATc > 2:1152877/1‑125 (MQ=255) gAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATc > 2:509481/1‑123 (MQ=255) gAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATc < 1:509481/123‑1 (MQ=255) aGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGtgctgc < 2:226541/142‑1 (MQ=255) aGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGtgctgc > 1:226541/1‑142 (MQ=255) ggAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTc > 1:1177256/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTc > 2:164775/1‑150 (MQ=255) gcTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTgg < 2:109371/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGt < 1:378846/150‑1 (MQ=255) gcgcACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCCGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTggt > 2:87835/1‑148 (MQ=255) aCGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTgg > 1:1019669/1‑141 (MQ=255) aCGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTgg < 2:1019669/141‑1 (MQ=255) ggCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTa > 2:96685/1‑150 (MQ=255) ggCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTa > 1:1016947/1‑150 (MQ=255) aTTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCNTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCGGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACAt > 1:626381/1‑150 (MQ=255) aTTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCGATTGGGTTGTTTCGTACAt > 2:874076/1‑150 (MQ=255) tCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTgg > 1:424233/1‑134 (MQ=255) tCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTgg < 2:424233/134‑1 (MQ=255) aCCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCTCGGTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTg > 1:781842/1‑150 (MQ=255) ccaccaCCTCAACCTGGCGCGGCACATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGcc < 2:626381/150‑1 (MQ=255) ccACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGcc > 1:678604/1‑150 (MQ=255) cACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGccc < 2:1193691/150‑1 (MQ=255) cACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGccc < 2:587075/150‑1 (MQ=255) aCCTCAACCTGGAGCGGCAGATGGACCGCGAGCTAAAGCTCTACGATGTCCACCTGGTTGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCt < 2:781842/150‑1 (MQ=255) cTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCttt > 2:541687/1‑150 (MQ=255) cAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTAt < 1:164775/150‑1 (MQ=255) cAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTac < 1:280582/150‑1 (MQ=255) tGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACAccc > 1:807268/1‑150 (MQ=255) cGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGcc > 2:647882/1‑150 (MQ=255) tgtgCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCGTTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCaa < 2:1090779/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCaa < 2:1177256/150‑1 (MQ=255) cTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAAc < 2:28547/150‑1 (MQ=255) cTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAAc < 1:541687/150‑1 (MQ=255) cgaTGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACtt < 2:289348/150‑1 (MQ=255) cgaTGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACtt < 1:625650/150‑1 (MQ=255) gaTGGCCACCAGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc > 1:538926/1‑150 (MQ=255) gaTGGCCACCAGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTc > 2:1224690/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGa > 2:924646/1‑68 (MQ=255) ccTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGa < 1:924646/68‑1 (MQ=255) | CTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGGGGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTC > NC_002947/2462831‑2463112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |