Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,542,361 | A→G | 7.7% | Y135Y (TAT→TAC) | galE ← | UDP‑glucose 4‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,542,361 | 0 | A | G | 7.7% | 146.4 / 2.7 | 52 | Y135Y (TAT→TAC) | galE | UDP‑glucose 4‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/20); new base G (2/2); total (30/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 |
ATGGGTTTCCGGCTCGTGACGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACGTTGTT > NC_002947/3542217‑3542510 | aTGGGTTTCCGGCTCGTGACGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACgg > 2:957278/1‑150 (MQ=255) tttCCGGCTCGTGACGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAAGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCAATTTGCTCAACCCATACGGGATGa > 1:190628/1‑150 (MQ=255) cGGCTCGTGACGCTCGCCTATCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCgg > 1:194528/1‑150 (MQ=255) tGACGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTg < 1:957278/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGgt < 1:1273757/150‑1 (MQ=255) tCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGgtgtgt > 2:1229081/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCa < 1:1229081/150‑1 (MQ=255) tCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGc < 1:1170743/150‑1 (MQ=255) gCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACAGACTTCAAACCATAGGACCGGTCGAAGTACTCAAGAAACTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCAATACGGGTTGATCGGCACCTTAGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACATCCTGCGGGTTg > 2:147886/1‑150 (MQ=255) gcAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATGCGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCAc < 2:194528/150‑1 (MQ=255) gcgtACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCga > 1:1282727/4‑150 (MQ=255) cTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTACTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCgaa < 2:861405/150‑1 (MQ=255) aCCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCgaagaa < 2:499113/150‑1 (MQ=255) cGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTTATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGAGGTATAGGGCGGCACTCGAAGaaaa > 1:370213/1‑150 (MQ=255) cGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCCCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGaaaa > 2:931888/1‑150 (MQ=255) ttCAGACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACAcc > 2:1011810/1‑150 (MQ=255) ttCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGcc > 1:165102/1‑122 (MQ=255) ttCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGcc < 2:165102/122‑1 (MQ=255) ttCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACAcc > 2:1113513/1‑150 (MQ=255) ccATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGc < 2:164920/150‑1 (MQ=255) cATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGcc > 1:24717/1‑150 (MQ=255) ccGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGcc > 2:1004136/1‑150 (MQ=255) cGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCg < 2:24717/150‑1 (MQ=255) aaGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATACCAGGAGACGGACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTg > 1:720802/1‑150 (MQ=255) gTCCTCACCCATCTGCTCTACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATAGGCCGCTTGGTGATTGACGTGTCGATCGGCACGTACGGCTCGTTGACGTATAAGGAGGCGCCCTAATTAATTTCCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGAc < 1:931888/150‑1 (MQ=255) gTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGAc < 1:1004136/150‑1 (MQ=255) tCCTCAAGAATCTGCTTGCCCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGAcc > 2:61249/1‑150 (MQ=255) taaaGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATg > 2:365490/3‑150 (MQ=255) tCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCa < 2:310421/124‑1 (MQ=255) tCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCa > 1:310421/1‑124 (MQ=255) tCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATg > 2:631182/1‑150 (MQ=255) tCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATg > 1:1091238/1‑150 (MQ=255) aaGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGc < 2:1282727/150‑1 (MQ=255) gAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCt < 2:1091238/150‑1 (MQ=255) tCTGCTCGACCATCCATTTGCTCACCCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTa < 2:821823/76‑1 (MQ=255) tCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTa > 1:821823/1‑76 (MQ=255) tCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATAAGGGGTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGTTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgaa > 2:202583/1‑148 (MQ=255) tGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagc > 1:211277/1‑150 (MQ=255) tGCTCGACCATACATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTACCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagc > 1:407083/1‑150 (MQ=255) tCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAgg < 1:631182/150‑1 (MQ=255) atTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTg > 1:545738/1‑122 (MQ=255) atTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTg < 2:545738/122‑1 (MQ=255) cgatCAACCCGTATGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagca > 2:961534/4‑135 (MQ=255) cgatCAACCCGTATGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagca < 1:961534/132‑1 (MQ=255) ccTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCAGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGc < 1:1156086/149‑1 (MQ=255) atCAACCCGTATGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCgaa > 1:1015991/2‑87 (MQ=255) atCAACCCGTATGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCgaa < 2:1015991/86‑1 (MQ=255) aaCCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCTGCACTCGAAGAAAACACCCGGTGCGTGGTGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACg > 1:1249660/1‑150 (MQ=255) aaCCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagca > 2:285046/1‑130 (MQ=255) aaCCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTgcagca < 1:285046/130‑1 (MQ=255) aaCCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACg > 2:670455/1‑150 (MQ=255) cccATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACgtt > 2:974479/1‑150 (MQ=255) aTACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACgttgtt > 2:562499/1‑150 (MQ=255) aTACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACgttgtt > 1:1217232/1‑150 (MQ=255) | ATGGGTTTCCGGCTCGTGACGCTCGCCTAGCTGGCCTTCCGGGTCAGCGCCCGCTGCATTGAAATAGCGCAGGCTTACCGACTTCAAACCATAGGCCCGGTCGAAGTCCTCAAGAATCTGCTCGACCATCCATTTGCTCAACCCATACGGGTTGATCGGCCCCTTGGTGTGTGCTTCATCGATCGGCACGTACTGCGGGTTGCCGTATACGGCGGCACTCGAAGAAAACACCAGGTGCCTGATGCCGGCATTGACCATGGCCTGCAGCAGGGAAAGGGTGGCTGCGACGTTGTT > NC_002947/3542217‑3542510 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |