Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,686,486 | G→T | 14.5% | G284V (GGC→GTC) | PP_3251 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,686,486 | 0 | G | T | 14.5% | 102.1 / 5.7 | 41 | G284V (GGC→GTC) | PP_3251 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/14); new base T (3/3); total (24/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
CCACGCCCGCCTGGCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGCATTCGTTGCCGCATTACAGTCTCATG > NC_002947/3686340‑3686632 | ccACGCCCGCCTGGCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGa > 2:1061182/1‑150 (MQ=255) cACGCCCGCCTGGCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCTACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGaa < 2:607085/150‑1 (MQ=255) ccgccTGGCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTggc < 1:1174467/150‑3 (MQ=255) gCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGcc > 2:784933/1‑150 (MQ=255) aaTTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCt > 1:600374/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTggc < 1:771832/140‑3 (MQ=255) aTTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTggc > 2:771832/1‑138 (MQ=255) aGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAAc > 1:1274820/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCgg < 2:600374/150‑1 (MQ=255) ccGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTggc > 2:496836/1‑113 (MQ=255) ccGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTggc < 1:496836/115‑3 (MQ=255) ccGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCgg < 1:71450/137‑1 (MQ=255) ccGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCgg > 2:71450/1‑137 (MQ=255) cgcgCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAAtt > 2:1276960/1‑150 (MQ=255) gcATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGat < 2:549982/150‑1 (MQ=255) tGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGatgca > 1:1109989/1‑150 (MQ=255) gATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGatgcat < 1:262702/150‑1 (MQ=255) gATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTAGGGCCAATTGatgcat > 2:335732/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGAc < 1:784933/150‑1 (MQ=255) ggCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCa < 1:1276960/150‑1 (MQ=255) ggCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCa < 2:964538/150‑1 (MQ=255) cTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTgccg > 2:966725/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTg < 1:1061182/150‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTgca > 1:761855/1‑150 (MQ=255) ttAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGcc > 2:295155/1‑109 (MQ=255) ttAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGcc < 1:295155/109‑1 (MQ=255) tAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGATTTAGCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGa < 1:337955/150‑1 (MQ=255) aaTGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAGCTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAAtggctg > 2:830242/1‑150 (MQ=255) gggTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAAcc > 2:438131/1‑150 (MQ=255) acgccaGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGc < 1:553314/64‑1 (MQ=255) acgccaGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGc > 2:553314/1‑64 (MQ=255) aGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGc > 2:666511/1‑150 (MQ=255) caaacAGTTCGCCTTGCAGGTCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGCCTATGGCAAATTGATGCCTGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGACCAATCAATGGCTTGCCGAACCCGGGGCCATGGCCGCATTCGTTGc > 1:386773/5‑150 (MQ=255) gCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGACATGCCCGCATTCGTTGCCg > 1:1029685/1‑150 (MQ=255) gACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGCATTCGTTGCCGCATTACAg > 2:547935/1‑150 (MQ=255) gACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAAATGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTTGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGCATTCGTTGCCGCAtgcaag > 1:229687/1‑145 (MQ=255) aaGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGa < 2:267903/106‑1 (MQ=255) aaGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGa > 1:267903/1‑106 (MQ=255) aaGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGCATTCGTTGCCGCATTACAGTCTCATg > 2:559310/1‑150 (MQ=255) aGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGAtcaatcaa > 2:740896/1‑94 (MQ=255) aGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGAtcaatcaa < 1:740896/94‑1 (MQ=255) | CCACGCCCGCCTGGCAATTCAGGCGCTGAACCAGCTAAGCCCCGCGCATGATCCGCAGGCGTTCTACGCCAGGGCGCGCTTAGGCTACCGCCTGAATGACCGGGGTATCGCCACGCCAGACCTCATCCGCCAGTTCGACCTGCAAGGCGAACTGTTTGCAGCCCTTGAACGCAAGCGGGTCTATGGCCAATTGATGCATGCCGACCATTGCCGCCTGCAGCAGCGCACGATCAATCAATGGCTGGCCGAACCCGGCGCCATGCCCGCATTCGTTGCCGCATTACAGTCTCATG > NC_002947/3686340‑3686632 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |