| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,935,121 | T→A | 6.8% | E112D (GAA→GAT) | PP_3467 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,935,121 | 0 | T | A | 6.8% | 177.7 / 2.8 | 59 | E112D (GAA→GAT) | PP_3467 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/26); new base A (2/2); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTCATGGCCCTGT > NC_002947/3934973‑3935268 | cGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCtt < 2:763535/150‑1 (MQ=255) ggTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGa > 1:1081506/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAg < 1:549701/150‑1 (MQ=255) gccgcAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCTATGGCCAGCAc > 2:552008/1‑150 (MQ=255) ccgcAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACg < 2:527360/150‑1 (MQ=255) aGTTGATCAGCGTCTGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTgg < 2:523586/150‑1 (MQ=255) gATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTg > 1:488393/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCAAGGGTGCAGATCGCGCAGGTCGATCAGCACGAGCTGATGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTgg < 1:863753/150‑1 (MQ=255) ggccggccTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCtt > 2:729181/1‑118 (MQ=255) ggccggccTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCtt < 1:729181/118‑1 (MQ=255) ccggccTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAg > 2:735766/1‑150 (MQ=255) cggccTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAgg < 2:488393/150‑1 (MQ=255) cTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGc < 2:1261558/130‑1 (MQ=255) cTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTACTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGc > 1:1261558/1‑130 (MQ=255) ttCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGAc > 2:664794/1‑150 (MQ=255) aCGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCATCGAAGGCCAgaagc < 2:612696/117‑5 (MQ=255) aCGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCATCGAAGGCCAgaagc > 1:612696/1‑113 (MQ=255) ggCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTgg > 1:1053835/1‑124 (MQ=255) ggCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTgg < 2:1053835/124‑1 (MQ=255) ggCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGc < 1:682182/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCt > 2:447400/1‑150 (MQ=255) tGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCTTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCACCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGc < 1:495025/150‑1 (MQ=255) cGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCt > 2:1057368/1‑150 (MQ=255) gATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTg > 1:853870/1‑150 (MQ=255) gATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTg < 2:661126/150‑1 (MQ=255) gCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGgcgc > 1:805775/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAg > 2:887651/1‑150 (MQ=255) ccGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAgg < 1:1057368/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGGCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTa > 1:1235845/1‑150 (MQ=255) cAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTc < 2:39600/150‑1 (MQ=255) ttCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAg < 1:701994/138‑1 (MQ=255) ttCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAg > 2:701994/1‑138 (MQ=255) cTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGGGCGACCAGGTAGTCGAGTTCgggg < 1:174191/150‑1 (MQ=255) cTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCgggg > 2:918382/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCgggg < 2:1178722/150‑1 (MQ=255) cTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTg < 1:1052456/77‑1 (MQ=255) cTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTg > 2:1052456/1‑77 (MQ=255) ccGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGa > 2:112384/1‑150 (MQ=255) gATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGc > 2:683912/1‑150 (MQ=255) gATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGc > 1:1141988/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTgcgc > 2:1209542/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTgagt < 1:887651/150‑4 (MQ=255) gCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTc < 1:918382/150‑1 (MQ=255) ttCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATca < 2:220840/131‑1 (MQ=255) ttCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATca > 1:220840/1‑131 (MQ=255) gcagcaCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGgc < 1:112384/150‑1 (MQ=255) gcaCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCgggg < 2:857970/104‑1 (MQ=255) gcaCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCgggg > 1:857970/1‑104 (MQ=255) gcaCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATcagc > 2:8699/1‑122 (MQ=255) gcaCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATcagc < 1:8699/122‑1 (MQ=255) aCGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCATCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAgg > 2:158035/1‑150 (MQ=255) gTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTc > 2:160590/1‑150 (MQ=255) gTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCT‑CAGCAGCAGGCGCAGGTCa < 2:1141988/150‑1 (MQ=255) aacgtgcTGGCCATCGAAGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGtt < 1:1221685/120‑1 (MQ=255) aacgtgcTGGCCATCGAAGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGtt > 2:1221685/7‑126 (MQ=255) cTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCcagcagca < 2:1119190/134‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCcagcagca > 1:1119190/1‑134 (MQ=255) ggCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTCATGGCCCt > 1:536748/1‑150 (MQ=255) ccTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTCATGGCCCTGt > 1:201310/1‑150 (MQ=255) ccTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGCCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTTGCGCGAGTTCAAGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTCATGGCCCTGt < 1:664794/150‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTa < 1:1142507/76‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTa > 2:1142507/1‑76 (MQ=255) | CGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCACGGCCGTGCCGATGGCATTGGTGCCGCGCAGCGATTCGCTCCAGCAACTGCCCGGGTGCAGATCGCGCAGGCCTTCGCGTTGCAGCACGTGCTTCTGGCCTTCGATGGCCAGCACGTTGGCCTGGGCATCGCCGAGGATGACGATGCCAGCCTTGCCCTGGCGCGCGACCAGGTAGTCGAGTTCGGGGGTAACGGCATCGATCAGCAGGCGGTTGCGCTCCAGCAGCAGGCGCAGGTCATGGCCCTGT > NC_002947/3934973‑3935268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |