| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,667,237 | C→A | 5.1% | G319G (GGC→GGA) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,667,237 | 0 | C | A | 5.1% | 253.0 / 2.4 | 79 | G319G (GGC→GGA) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/37); new base A (2/2); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
CGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCG > NC_002947/4667088‑4667385 | cGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGc < 2:216172/150‑1 (MQ=255) ccAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACa < 2:587638/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACAt > 2:69832/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATg > 2:1113170/1‑150 (MQ=255) ggCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTc < 1:1010818/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCt > 2:759037/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGCCGGACATCCTGTACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTg > 1:505020/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGCCCGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTg > 2:719986/1‑150 (MQ=255) tgctgGCGCCGGACATCCTGTACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTgg < 2:505020/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTgg < 2:760815/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGt < 2:806043/150‑1 (MQ=255) gcCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGc > 1:663415/1‑124 (MQ=255) gcCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGc < 2:663415/124‑1 (MQ=255) gcCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTggg > 1:883633/1‑150 (MQ=255) ccGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGt < 2:993731/150‑1 (MQ=255) aTCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTgg > 1:920851/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTgg > 2:63383/1‑150 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCAAGATCGGATACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAc > 2:26742/1‑150 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCAAGATCGGATACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAc > 2:26672/1‑150 (MQ=255) tGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAcg > 2:371252/1‑150 (MQ=255) cACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAcgcg < 2:793721/150‑1 (MQ=255) cACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAcgcg > 1:793721/1‑150 (MQ=255) aCCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGAcgcgc < 2:883633/150‑2 (MQ=255) attgttgGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACgcggcg > 2:690681/2‑150 (MQ=255) ttGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGa > 1:1282586/1‑150 (MQ=255) gtGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTGCATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGa > 2:880625/2‑150 (MQ=255) tGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGAt < 1:371252/150‑1 (MQ=255) tGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGAt < 1:69832/150‑1 (MQ=255) tAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCt < 1:759037/150‑1 (MQ=255) aGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCtt > 2:52820/1‑150 (MQ=255) ggTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTc < 2:355518/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtg > 2:375795/1‑150 (MQ=255) gTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtgatga > 2:1129038/1‑150 (MQ=255) gTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtgatga < 1:1025926/150‑1 (MQ=255) ttGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCAc > 2:54370/1‑150 (MQ=255) ttGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCAc > 2:1176844/1‑150 (MQ=255) ccTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCctt > 1:227595/1‑150 (MQ=255) ccTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCctt > 2:1096807/1‑150 (MQ=255) ccTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCctt > 2:715442/1‑150 (MQ=255) 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gctgcgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtgat < 2:162789/119‑1 (MQ=255) ctgcgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTcc < 1:375795/150‑1 (MQ=255) gctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGc < 1:63383/150‑1 (MQ=255) aCCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCcggtccg > 2:592661/1‑150 (MQ=255) cGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCcggtgcggt > 2:968003/1‑150 (MQ=255) tCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg < 1:1234710/66‑1 (MQ=255) 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1:1182026/1‑145 (MQ=255) cATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAg < 2:1182026/145‑1 (MQ=255) cATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACAt > 2:794137/1‑150 (MQ=255) aGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTc < 1:690681/150‑1 (MQ=255) ccAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCaa > 2:136921/1‑150 (MQ=255) gCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtga < 1:133954/57‑1 (MQ=255) gCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtga > 2:133954/1‑57 (MQ=255) gCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGggcg < 1:52820/150‑1 (MQ=255) gCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGggcg < 2:238643/150‑1 (MQ=255) | CGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATCCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCACCACGAGCAGAACATCTTCAAGATGGGCG > NC_002947/4667088‑4667385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |