| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,723,321 | G→C | 8.8% | L97V (CTG→GTG) | htpG ← | chaperone protein HtpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,723,321 | 0 | G | C | 8.8% | 162.8 / 5.3 | 53 | L97V (CTG→GTG) | htpG | chaperone protein HtpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base C (2/3); total (25/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGTACACGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGCTCTGGCTTGGCCAGGGCTTCGAAACGCAGCT > NC_002947/4723178‑4723467 | gcTGTACACGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCACCTGGGc > 2:245641/1‑150 (MQ=255) tGTACACGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCaa > 1:334495/1‑150 (MQ=255) tACACGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATg > 1:697730/1‑150 (MQ=255) cacGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCACCTGGGCaccatc < 1:245641/150‑6 (MQ=255) cGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGt < 2:484860/150‑1 (MQ=255) gACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCAACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTc > 2:201751/1‑150 (MQ=255) ggCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGACGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCat < 1:194301/150‑1 (MQ=255) aTGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCatgccgatg > 2:20239/1‑150 (MQ=255) cgcgGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGtt < 1:20239/150‑1 (MQ=255) ggAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGAc < 2:59938/120‑1 (MQ=255) ggAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGAc > 1:59938/1‑120 (MQ=255) ggAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTc > 1:427060/1‑150 (MQ=255) gTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTc < 2:665845/150‑1 (MQ=255) cACGCCTAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAATTCGGCAGTACCGGACTTCGCGATGGTTCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGTGTCAc < 2:636727/150‑1 (MQ=255) cACGCCGAACTGACCGATCAGGGGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCAc > 1:496345/1‑150 (MQ=255) aCGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCACCTGGGCacca > 2:70454/1‑102 (MQ=255) aCGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCACCTGGGCacca < 1:70454/105‑4 (MQ=255) aaCTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCg < 2:697730/150‑1 (MQ=255) aTCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAgg < 2:1041527/129‑1 (MQ=255) aTCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAgg > 1:1041527/1‑129 (MQ=255) cAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTc < 1:387673/150‑1 (MQ=255) gTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGaa < 2:427060/150‑1 (MQ=255) gTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGaa > 1:948757/1‑150 (MQ=255) tGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAg < 2:590740/150‑1 (MQ=255) gCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGc < 2:929245/150‑1 (MQ=255) tCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAgg > 1:1104851/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGc < 1:628606/150‑1 (MQ=255) ttcttcTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCg < 1:273299/138‑1 (MQ=255) ttcttcTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCg > 2:273299/1‑138 (MQ=255) tcttctGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTAAGGCgca > 2:712051/1‑148 (MQ=255) ctGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTc > 2:861900/1‑105 (MQ=255) ctGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTc < 1:861900/105‑1 (MQ=255) gTCACCGGTGAGGTTCTTCATGACGTCGGCATTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAg < 1:643770/150‑1 (MQ=255) gTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGaa < 2:212929/132‑1 (MQ=255) gTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGaa > 1:212929/1‑132 (MQ=255) gTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAg > 1:92724/1‑150 (MQ=255) gTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAg < 2:753317/150‑1 (MQ=255) tCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAgg > 1:482995/1‑150 (MQ=255) aGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCg > 2:623706/1‑150 (MQ=255) ggTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCt < 2:198690/114‑1 (MQ=255) ggTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCt > 1:198690/1‑114 (MQ=255) gTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCAc < 1:1169358/99‑1 (MQ=255) gTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCAc > 2:1169358/1‑99 (MQ=255) ttcATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCg < 2:948757/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGaa < 1:623706/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTCGGCAGTAACGGTCTTGGCGATGCTGCTCACCTTCTCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGaa < 2:1104851/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGctct < 1:201751/150‑1 (MQ=255) ggCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGAc < 2:971769/42‑1 (MQ=255) ggCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGAc > 1:971769/1‑42 (MQ=255) ccGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGCTCTGGCTTGGcc > 2:1003299/1‑150 (MQ=255) ttGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGCTCTGGCTTGGCCAGGGCt > 2:588332/1‑150 (MQ=255) gCCAAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGCACAGCTCTGGCTTGGCCAGGGCTTCGAAACGCAg < 2:334495/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGCTCTGGCTTGGCCAGGGCTTCGAAACGCAGCt > 2:225895/1‑150 (MQ=255) | GCTGTACACGTCGACCTTGTCGGCAACGATGAACGCGGAGTAGAAGCCCACGCCGAACTGACCGATCAGGTGCGAGTCCTTCTTCTGGTCACCGGTGAGGTTCTTCATGAAGTCGGCAGTACCGGACTTGGCGATGGTGCCCAGGTGGGCAATGACGTCTTCGCGGCTCATGCCGATGCCGTTGTCCTCGAGGGTCACGGTACCGGCGTCCTTGTCGAAGCTCAGGCGAATCTTCAGGTCAGCATCGCCCTCGAACAGCTCTGGCTTGGCCAGGGCTTCGAAACGCAGCT > NC_002947/4723178‑4723467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |