| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 322,878 | C→T | 5.8% | L455L (CTG→CTA) ‡ | PP_0267 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 322,878 | 0 | C | T | 5.8% | 202.5 / 2.2 | 69 | L455L (CTG→CTA) ‡ | PP_0267 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/27); new base T (2/2); total (40/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
TCTGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCCGCG > NC_002947/322733‑323024 | tctGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGc < 2:261323/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGt > 1:838363/1‑150 (MQ=255) ccGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGCGAAAGTCTTGATCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTgg < 1:799059/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCt > 1:552571/1‑150 (MQ=255) aCGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGAGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTTGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCACAGCGCACGCCGAGGAGAACCTGcc > 1:1046768/1‑150 (MQ=255) gAGGCGTAGAACGAACGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCAc < 2:891594/150‑1 (MQ=255) tAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCg > 1:1220312/1‑150 (MQ=255) aaCGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTc > 2:126241/1‑150 (MQ=255) 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aCGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCcg > 1:657210/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCcgcg > 2:882877/1‑150 (MQ=255) | TCTGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCCGCG > NC_002947/322733‑323024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |