Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 322,879 | A→G | 5.8% | L455P (CTG→CCG) ‡ | PP_0267 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 322,879 | 0 | A | G | 5.8% | 204.7 / 2.2 | 69 | L455P (CTG→CCG) ‡ | PP_0267 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/27); new base G (2/2); total (40/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.25e-01 |
TCTGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCCGCGGCTG > NC_002947/322733‑323028 | tctGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGc < 2:261323/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGt > 1:838363/1‑150 (MQ=255) ccGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGCGAAAGTCTTGATCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTgg < 1:799059/150‑1 (MQ=255) 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< 2:1228369/150‑1 (MQ=255) gtgCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCTTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CAt > 1:235334/1‑150 (MQ=255) cccTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑Ctt > 2:1245268/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑Ca > 1:486983/1‑144 (MQ=255) ccTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑Ca < 2:486983/144‑1 (MQ=255) tGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑Cttgtt < 2:716449/150‑1 (MQ=255) tGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGttt > 1:891594/1‑150 (MQ=255) cGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCa > 1:763368/1‑150 (MQ=255) gATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGCCCACGCCTGGGCGTggtc < 2:1144875/95‑3 (MQ=255) gATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGCCCACGCCTGGGCGTggtc > 1:1144875/1‑93 (MQ=255) gATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑Cttgtt < 1:1218154/138‑1 (MQ=255) gATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑Cttgtt > 2:1218154/1‑138 (MQ=255) aTCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTg < 2:487387/96‑1 (MQ=255) aTCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTg > 1:487387/1‑96 (MQ=255) aTCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACt > 2:499013/1‑150 (MQ=255) gccgccACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGATTACACTTCGaa > 2:643076/1‑150 (MQ=255) cacccaccGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGt < 1:1269024/150‑1 (MQ=255) acccaccGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTc > 2:746258/1‑150 (MQ=255) 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gaAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGcc > 1:829092/1‑150 (MQ=255) aaaGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTtggtg > 1:532090/1‑117 (MQ=255) aaaGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTtggtg < 2:532090/117‑1 (MQ=255) aaaGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAACACTTCACCAGATG‑‑GGATGCCACTTCGAACGGGTCAAAGCGCACGCCg > 1:925611/1‑150 (MQ=255) gTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCg > 2:375956/1‑150 (MQ=255) tCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCt > 1:552571/1‑150 (MQ=255) tCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCt > 2:1142398/1‑150 (MQ=255) aCGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGAGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTTGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCACAGCGCACGCCGAGGAGAACCTGcc > 1:1046768/1‑150 (MQ=255) gAGGCGTAGAACGAACGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCAc < 2:891594/150‑1 (MQ=255) tAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCg > 1:1220312/1‑150 (MQ=255) aaCGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTc > 2:126241/1‑150 (MQ=255) gAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAgg < 2:838363/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAAt < 2:1220312/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATc < 2:829092/150‑1 (MQ=255) gcgcCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGGGTGGATTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTg > 2:183033/1‑150 (MQ=255) gcgcCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTg > 1:133748/1‑150 (MQ=255) 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gACCACGCACAGGCGTGGGCTGCTGCTGTTGCTGTCCTGCGGGTCGCGCAAGC‑CATC‑CTCGTTGGTGGTTTCCACTTCGACCTGGTCAACGCCCACGCCGGCGACAACCTTCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTCGTCCTGCAGATAAAc < 2:1046768/150‑1 (MQ=255) cACGCCTGGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCa > 2:210391/1‑122 (MQ=255) cACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CCTC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAAcccc > 1:545344/1‑150 (MQ=255) cACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGACGGCCAGACAGTGCCAGTGAGAGTTGAGGCGAGTCGTGTCGGGCAGATAAAcccc > 2:781833/1‑150 (MQ=255) cACGCCCAGGCGTGGACTGGTGCTGTTGATGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCCCTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAAcccc > 2:1156509/1‑150 (MQ=255) aCGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCcg > 1:657210/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCcgcg > 2:882877/1‑150 (MQ=255) aGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCCGCGGCTg < 2:235334/150‑1 (MQ=255) | TCTGCCGGGTCTCTTCCGGGTCGGTTTTATTGGTGTTGCCCTGTGCCCCTGGGGTGATGCCGATCAAGCCGCCACCCACCGGTGAGAAAGTCTTGCTCCACGAGGCGTAGAACGAATGGTCGCGCCATGGCGTGTAGACCACGCCCAGGCGTGGGCTGGTGCTGTTGCTGTCCTGCGGTTCGCGCAAGC‑CATC‑CTTGTTGGTGGTTTCCACTTCGAACTGGTCAAAGCGCACGCCGGCGAGAACCTGCCACTGATCGTTCAGGCGAATCTGGTCCTGCAGATAAACCCCGCGGCTG > NC_002947/322733‑323028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |