| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,599,945 | C→G | 8.9% | P1196P (CCG→CCC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,599,945 | 0 | C | G | 8.9% | 174.7 / 8.4 | 56 | P1196P (CCG→CCC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/24); new base G (2/3); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
ATCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTGC > NC_002947/5599799‑5600094 | aTCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCggg < 2:355722/150‑1 (MQ=255) tCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCGATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGt < 2:860867/150‑1 (MQ=255) tCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGt > 1:860867/1‑150 (MQ=255) tCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGt < 2:980965/150‑1 (MQ=255) ccAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCGGGGTTgggt < 2:671589/150‑3 (MQ=255) ccAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCt > 1:427082/1‑150 (MQ=255) aaaGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCTAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTg > 2:657050/1‑150 (MQ=255) aaGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGc > 1:986314/1‑150 (MQ=255) tggcGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGccacca > 1:728513/1‑150 (MQ=255) cATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGc < 1:980566/123‑1 (MQ=255) cATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGc > 2:980566/1‑123 (MQ=255) tGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga < 2:986314/150‑1 (MQ=255) ccGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATc < 2:728513/150‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGa > 2:279528/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCGGGGTTggg < 2:872795/105‑2 (MQ=255) aTTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCGGGGTTggg > 1:872795/1‑104 (MQ=255) cccTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga > 1:99061/1‑128 (MQ=255) cccTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga < 2:99061/128‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGa < 1:40339/150‑1 (MQ=255) tAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTc < 2:693504/150‑1 (MQ=255) aGCCCATTGGGTTGATGCGTTATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGt < 1:219936/150‑1 (MQ=255) aGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCaa < 2:368501/93‑1 (MQ=255) aGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCaa > 1:368501/1‑93 (MQ=255) aGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGt < 1:657050/150‑1 (MQ=255) cccATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAGCATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACACCTGAGACGATCGGCGCGGCGACGCTGGTG‑CCCTGAGCCGtac > 2:105539/1‑148 (MQ=255) gATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTg < 2:890867/150‑1 (MQ=255) aTGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga > 2:881669/1‑102 (MQ=255) aTGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga < 1:881669/102‑1 (MQ=255) gTCATCCACTTTGCGCGTAGATAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCTTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGccgac < 2:350392/150‑1 (MQ=255) ctCCTCTTTGGGCTCAGACAGGGCGTGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGACAGCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGccgaccga < 2:593703/149‑1 (MQ=255) aTCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGgc < 2:169205/138‑1 (MQ=255) aTCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCAGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGgc > 1:169205/1‑138 (MQ=255) cACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGTCGCGGCGAAGCTGGCG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGGTGCGGACCGACGc > 2:396537/1‑150 (MQ=255) aCTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCgg < 2:844577/56‑1 (MQ=255) aCTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCgg > 1:844577/1‑56 (MQ=255) aCTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCa > 1:940470/1‑150 (MQ=255) cTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCACGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCAc > 1:1244106/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCCAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACcgc < 1:418832/150‑1 (MQ=255) gcgcAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCt > 1:36513/1‑150 (MQ=255) gcgcAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCt > 2:971418/1‑150 (MQ=255) gagcaggcagTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCt > 2:1216778/3‑150 (MQ=255) gTGCGAGGATGTGCTGAACAGCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCCACGACGTCACTCCCGAGGCTATCGGCGCGGCGAACCCGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGCCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCaa < 1:611429/150‑1 (MQ=255) tGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTNAAg > 1:852382/1‑150 (MQ=255) tgctgAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGAAAAATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGCGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCCAGGCTGACGccc > 1:41037/1‑149 (MQ=255) gctgAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCAc < 1:326551/150‑1 (MQ=255) ctgAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACt > 1:56613/1‑150 (MQ=255) gAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑cc < 1:56679/85‑1 (MQ=255) gAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑cc > 2:56679/1‑85 (MQ=255) aaCATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAA‑CTTCTGAACTTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGCGGCCCCGAGCTCTGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGa > 1:22827/1‑150 (MQ=255) tAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGCGGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACTCACCGCGCACCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACAtag > 1:230635/1‑148 (MQ=255) aagccaacccGGGGTTGGGTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGa > 1:798976/4‑129 (MQ=255) aagccaacccGGGGTTGGGTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGa < 2:798976/126‑1 (MQ=255) ccaacccCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTg < 2:610531/92‑1 (MQ=255) ccaacccCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTg > 1:610531/1‑92 (MQ=255) aacccCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATaaa < 2:729432/138‑1 (MQ=255) aacccCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATaaa > 1:729432/1‑138 (MQ=255) cccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGt > 2:796991/1‑150 (MQ=255) cccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGt > 2:484689/1‑150 (MQ=255) cccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGt > 1:650687/1‑150 (MQ=255) ccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTc < 2:892704/106‑1 (MQ=255) ccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTc > 1:892704/1‑106 (MQ=255) cGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTGc > 2:1197123/1‑150 (MQ=255) | ATCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTG‑CCCTGAGTCGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTGC > NC_002947/5599799‑5600094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |