| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,676 | A→T | 12.9% | intergenic (‑24/+33) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,676 | 0 | A | T | 12.9% | 129.2 / 11.2 | 47 | intergenic (‑24/+33) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/16); new base T (3/3); total (28/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
CAGCCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790529‑5790825 | cagccGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATc < 1:990911/150‑1 (MQ=255) gcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGGGACAACGGGTTGTCATGATAATCGGATACTGTTGCGGTTTCG‑CCAAACATGGTGAAGCCGCTATCATTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCCTCGAGGCCGGGTTTa > 1:292494/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa < 2:418525/139‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa > 1:418525/1‑139 (MQ=255) tGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgcag > 2:686010/1‑150 (MQ=255) gCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTc < 1:475834/150‑1 (MQ=255) aTAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTTGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGcc < 2:796058/150‑1 (MQ=255) tCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTg > 2:1024582/1‑150 (MQ=255) cATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTgc > 1:693933/1‑135 (MQ=255) 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> 1:108057/1‑150 (MQ=255) ccGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAAc > 2:1260818/1‑107 (MQ=255) ccGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAAc < 1:1260818/107‑1 (MQ=255) cGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGc > 1:64290/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg > 1:579873/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg > 1:157673/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATAAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg < 1:850853/150‑1 (MQ=255) | CAGCCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGAT‑TAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTG > NC_002947/5790529‑5790825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |