| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,940 | G→C | 8.4% | A278A (GCC→GCG) | hemE ← | uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,940 | 0 | G | C | 8.4% | 135.8 / 3.4 | 47 | A278A (GCC→GCG) | hemE | uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/20); new base C (2/2); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
GTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCTGACGATCT > NC_002947/5790793‑5791088 | gTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGc < 2:83477/150‑1 (MQ=255) cAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACggtc < 2:689990/145‑3 (MQ=255) cAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGc > 1:689990/1‑145 (MQ=255) aaGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGcc > 1:408877/1‑150 (MQ=255) ttGAACACGTGGCCAGTGCCGTGGACATAGCTGTCCAGCATGCGCGCCACTGTCTTGCGAATGGCGTCGGGCTTAGAATACAGCACGGTCGGGTCAATGTTGCCTTGCAGCGCCCCCTTGTCACCAATCAGGCGACGCACGTCggccttc < 2:316459/150‑7 (MQ=255) gAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCCGCCACCCCTGTTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGAtctc > 2:303712/1‑150 (MQ=255) cacaTGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCa < 1:283442/150‑1 (MQ=255) cATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGgtccag < 1:932668/137‑1 (MQ=255) cATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGgtccag > 2:932668/1‑137 (MQ=255) aGCGGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTACAGTCCAGGCCCAGCGCGt < 2:192102/150‑1 (MQ=255) cAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGcc > 2:796868/1‑150 (MQ=255) cAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGCCCGTCGCCgcgt < 2:956440/115‑4 (MQ=255) cAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGCCCGTCGCCgcgt > 1:956440/1‑112 (MQ=255) ttCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCt > 1:276060/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCt > 2:816369/1‑150 (MQ=255) tCCTTGCGAATGGCCTCGGGGTTGGCATACAGCAAGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCCCCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCACCGCATTCGCTGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCtt < 2:501575/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTc < 1:971572/79‑1 (MQ=255) ccTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTc > 2:971572/1‑79 (MQ=255) ggCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGATTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCtt < 1:303712/150‑1 (MQ=255) gCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTg < 2:805482/150‑1 (MQ=255) cATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTgg < 2:338897/150‑1 (MQ=255) gCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACa < 2:722116/150‑1 (MQ=255) gTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGAGCAGGCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCgg > 1:707274/1‑150 (MQ=255) tCCATGTTGCCTTGCAGCGCCCCCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGGCGCCCATCTCGCAGGTACAGTCCAGGCCCCGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCGGCAACAGGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGc > 2:1065564/1‑150 (MQ=255) tCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCttt < 2:618608/109‑1 (MQ=255) tCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCttt > 1:618608/1‑109 (MQ=255) tCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGc > 1:1098392/1‑150 (MQ=255) aTGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGAt > 2:809727/1‑140 (MQ=255) aTGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGAt < 1:809727/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCAcc < 1:816369/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTgc < 2:64290/150‑1 (MQ=255) cTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGCTCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGcc > 1:344851/1‑150 (MQ=255) cTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGgtc > 1:479931/1‑56 (MQ=255) cTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGgtc < 2:479931/56‑1 (MQ=255) cTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTgg > 1:589892/1‑123 (MQ=255) cTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTgg < 2:589892/123‑1 (MQ=255) tGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCg > 1:1102747/1‑136 (MQ=255) tGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCg < 2:1102747/136‑1 (MQ=255) cgcCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCtt > 2:404367/1‑114 (MQ=255) cgcCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCtt < 1:404367/114‑1 (MQ=255) gcCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGc < 1:1136184/150‑1 (MQ=255) ccACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCt > 1:795709/1‑150 (MQ=255) cACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCGCCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTc > 2:808164/1‑150 (MQ=255) aCCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATGTGCGAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAg > 1:358637/1‑150 (MQ=255) ccACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGc > 2:992272/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCg > 2:831606/1‑150 (MQ=255) tcggcgACGCCCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCt > 1:948338/2‑150 (MQ=255) cggcgACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCTg < 2:408877/150‑1 (MQ=255) gggCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCTGACGATCt > 1:82760/1‑150 (MQ=255) gggCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCAAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCTGACGATCt > 1:876339/1‑150 (MQ=255) | GTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCATAGCTGGCCAGGATGCGCGCCACTTCCTTGCGAATGGCCTCGGGCTTGGCATACAGCACGGTCGGGTCCATGTTGCCTTGCAGCGCCACCTTGTCACCCACGCGGCGACGGGCGTCGCCGATCTCGCAGGTCCAGTCCAGGCCCAGCGCGTCGGCGCCGGCTTCGGCAATGCTTTCCAGCCACAAGCCACCATTCTTGGTGAACAGGATCACCGGCACCTTGCGCCCCTCGTGCTCGCGGATCAGGCCGCTGACGATCT > NC_002947/5790793‑5791088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |