| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,928,795 | C→T | 6.6% | D104N (GAC→AAC) | fbpA ← | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,928,795 | 0 | C | T | 6.6% | 170.1 / 2.3 | 61 | D104N (GAC→AAC) | fbpA | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/29); new base T (2/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
CTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCGGGGCTTCCTTGTCGGTGAT > NC_002947/5928648‑5928942 | cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa < 1:290960/150‑1 (MQ=255)cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa > 1:1200674/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTAAGTGCAGGGGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTCGTCGATCACg > 2:495576/2‑150 (MQ=255) 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2:372930/102‑1 (MQ=255) aCCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACg > 1:372930/1‑102 (MQ=255) cccGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAggg > 1:788209/1‑149 (MQ=255) ggTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGAAAGCTCTCGTCGAGGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGc > 1:1185074/1‑150 (MQ=255) tGGAGTAGATGATGGTGGGGGCGCGCAGGTTCAGGCCGGTCAAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCAt < 2:475296/150‑1 (MQ=255) gAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATc > 1:608124/1‑102 (MQ=255) gAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATc < 2:608124/102‑1 (MQ=255) 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ccggCGCAGTACCGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc > 2:624696/3‑150 (MQ=255) aGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCt > 2:959661/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTg > 1:77512/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGc < 1:982535/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCgg < 1:1017930/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCgg < 1:505782/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCggg < 2:387028/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCggg < 1:180007/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGc > 2:1058310/1‑130 (MQ=255) gTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGc < 1:1058310/130‑1 (MQ=255) tctCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCGGGGCTTCCTTGTCGGtga < 1:281098/148‑1 (MQ=255) gTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAgg < 2:316416/85‑1 (MQ=255) gTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAgg > 1:316416/1‑85 (MQ=255) gTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAACGGGGCTTCCTTGTCGGtgat < 1:276567/150‑1 (MQ=255) | CTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCGGGGCTTCCTTGTCGGTGAT > NC_002947/5928648‑5928942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |