New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3947957 = | 29 (0.810) | 7 (0.250) | 6/216 | 2.8 | 23.7% | coding (136/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
? | NC_002947 | 3948042 = | 22 (0.770) | coding (51/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
AGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTC > NC_002947/3947895‑3948182 | aGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGCAGACga > 1:253768/1‑149 (MQ=255) gggggtGCGGAGGGGCCGTGGCCAGGAGGTCGGGGGGGTGGGCGGAGAGTTTTGCTGGGTTCGTCGCGGGCATGCCCGCTCGCACAGGTACAGCGCAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCg < 2:377339/145‑1 (MQ=255) gggCCTGGGCCAGGAGGCCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTg < 1:503970/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTACCACACGTACATCACAGGTCTATGGTCTCAGCAGTTTTTGTGGGCGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGGGGGCTTTGCa > 1:274876/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACCGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCa < 2:717630/150‑1 (MQ=255) ccAGGAGGGCGCGGGGGGAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCGGCGCGGGCATGGCCGCTCCCACAGGTACATCAGGGGTCTGTGGGATGTATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCg < 1:694981/150‑1 (MQ=255) cAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgg > 2:530419/1‑150 (MQ=255) cAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgg > 2:791829/1‑150 (MQ=255) cAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAAATCTGTGGGCGGCATACATCCTGGGGGAGCCGGGAAACCCGCGAGGACGTCGGTGCAGGCGTTGCAGAtgcgcg > 1:177652/1‑145 (MQ=255) ggaggTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgggg > 1:99351/1‑150 (MQ=255) gcgGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATc > 2:589102/1‑150 (MQ=255) ccccggaatctgcaaagcctgcaccgacgtcttcgcgggcatgcccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCg < 1:524864‑M2/5‑1 (MQ=255) ccccggaatctgcaaagcctgcaccgacgtcttcgcgggcatgcccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCg > 2:524864‑M2/115‑119 (MQ=255) ggAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTgg > 2:552199/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCAt < 1:552199/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGACCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTAGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCt > 1:682488/1‑150 (MQ=255) cgacgTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgggg > 2:524864‑M1/6‑119 (MQ=255) cgacgTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgggg < 1:524864‑M1/114‑1 (MQ=255) gggTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCTTACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg < 2:866112/117‑1 (MQ=255) gggTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg > 1:866112/1‑117 (MQ=255) CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAgg > 1:530419‑M1/1‑150 (MQ=255) ATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGATCGGACATGCTCGCGAAGACGTCGGTGCAGGATTTGCAGATTTCGGGCTTGCATCGAATTCTTCTGGCATGGCCTGCGAGTCAGCTCATGGgcgc < 2:660342‑M1/150‑1 (MQ=255) ATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTg < 2:97290‑M1/121‑1 (MQ=255) ATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTg > 1:97290‑M1/1‑121 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGTGCATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAgg > 2:822073‑M1/1‑142 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGTGCATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAgg < 1:822073‑M1/142‑1 (MQ=255) ccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg < 2:601982‑M2/28‑1 (MQ=255) ccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg > 1:601982‑M2/71‑98 (MQ=255) ccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCg > 2:647840‑M2/71‑150 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgggg > 1:515916‑M1/1‑99 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCgggg < 2:515916‑M1/99‑1 (MQ=255) GCTTCCACGTGTATATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCa > 1:797716‑M1/1‑150 (MQ=255) cccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGACTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTCCGACTCGGCTCAGGGGCGCGCCGCAggc > 2:47158‑M2/66‑150 (MQ=255) CCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTACGCTCAGGGGCGCGTCGCAggct < 1:744630‑M1/150‑1 (MQ=255) acagggtgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAggctgg < 1:47158‑M2/88‑1 (MQ=255) atagcacgGGTGTGTGGGCTGCTTACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGc < 2:177652/146‑1 (MQ=255) caGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAgggg > 1:706851/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGCTGTATACATCGTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCgg < 2:253768/150‑1 (MQ=255) tgtgGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCggg > 1:521631/1‑150 (MQ=255) aTACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTAtt > 1:360167/1‑150 (MQ=255) aTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTcccc < 2:521631/150‑1 (MQ=255) ggcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGt < 2:99351‑M2/130‑1 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAggc > 2:561866‑M2/10‑94 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAggc < 1:561866‑M2/85‑1 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCCGGGGTGCGGGCGCCGCTATGCCCCTGTCAGCAGCTGAtcgtcgtc > 2:189374‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc > 2:493416‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc < 2:706851‑M2/141‑1 (MQ=255) | AGTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTC > NC_002947/3947895‑3948182 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |