| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 6009165 = | 44 (0.600) | 19 (0.350) | 17/196 | 2.7 | 45.3% | intergenic (+6/+76) | norM/PP_5263 | multidrug resistance protein NorM/GGDEF domain‑containing protein |
| ? | NC_002947 | 6009242 = | 13 (0.240) | coding (1667/1668 nt) | PP_5263 | GGDEF domain‑containing protein | |||||
GCGGTGGTGCAGTCGGGATCTGGTGGGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCAATTCCCCTATCGGTAGC > NC_002947/6009017‑6009310 | gtgtggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttagg > 1:1782906‑M1/149‑150 (MQ=255)gtgtggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttagg > 2:1644165‑M1/149‑150 (MQ=255)gtgtggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttagg > 1:838191‑M1/149‑150 (MQ=255)gtgtggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttagg > 2:1571149‑M1/149‑150 (MQ=255) tgtggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaggg < 2:1408695‑M1/3‑1 (MQ=255) ggtggtGCAGTCGGGATCTGGTGGGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGc < 2:161484/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCAGTCGGGATCTGGTGGGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGc < 1:1726418/150‑1 (MQ=255) tggagagtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGcc < 1:338067‑M1/5‑1 (MQ=255) agtgaagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTc > 1:1522877‑M1/141‑150 (MQ=255) aagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCgg > 2:605211‑M1/137‑150 (MQ=255) aagagcagctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCgg < 1:1643423‑M1/14‑1 (MQ=255) agagcagctgacgttcttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGCGCCTCTTCGCggg > 2:1285762‑M1/136‑150 (MQ=255) tCTGGTGGGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGc < 2:1561525/150‑1 (MQ=255) gctgacgttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGcc < 1:949627‑M1/21‑1 (MQ=255) gtggGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCACGAGAGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 1:1436311/1‑150 (MQ=255) gttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCggg < 1:1155915‑M1/15‑1 (MQ=255) gttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCggg > 2:1155915‑M1/124‑138 (MQ=255) gttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:1008925‑M1/27‑1 (MQ=255) gttgttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:679313‑M1/27‑1 (MQ=255) gttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac < 2:992952‑M1/30‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac > 2:1142361/1‑150 (MQ=255) ttgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 2:1631404‑M1/31‑1 (MQ=255) tgcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑g > 1:415775‑M1/119‑150 (MQ=255) gcgcgggtttggctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑gg > 2:1061528‑M1/118‑150 (MQ=255) gcgcTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑a < 2:1288719/150‑1 (MQ=255) gcTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCgg < 1:1346440/128‑1 (MQ=255) gcTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCgg > 2:1346440/1‑128 (MQ=255) gcTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑Att > 1:1633467/1‑150 (MQ=255) gcTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑Att < 2:1633467/150‑1 (MQ=255) gggCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTgcgc < 2:1397649/150‑1 (MQ=255) gggCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTgcgc < 1:1142361/150‑1 (MQ=255) ctgcgaccaggtgcaaggcttcctggtcagcagaccgctaccgataggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTcc < 1:857014‑M1/45‑1 (MQ=255) cATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCt > 1:256288/1‑150 (MQ=255) 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gcTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTc < 1:173594/97‑1 (MQ=255) tGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca > 2:659257/1‑116 (MQ=255) tGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 1:659257/116‑1 (MQ=255) tGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGG‑ACCGCGCAAT‑CCTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 1:1541995/150‑1 (MQ=25) tttGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGG‑ACCGCGCAAT‑CCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 1:1160010/150‑1 (MQ=21) tttGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCtgtg < 1:1188176/130‑1 (MQ=255) tttGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCtgtg > 2:1188176/1‑130 (MQ=255) ggCTTTGAGTGGCGGATTAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 1:50708/150‑1 (MQ=255) gCTTTGAGTGGCGGATGAGACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCATATTCGCGGGGAGGCCAGTTCCTACA‑GG‑ATTGCGGGGTCCCCGTGGGAGCGGGAGTGCCAGCGAAGAgg > 2:50708/1‑150 (MQ=255) cTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc < 2:1672458/150‑1 (MQ=255) aggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTgcgc > 1:365414‑M1/61‑100 (MQ=255) aggggaattgatggcgtatttgctgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTgcgc < 2:365414‑M1/40‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgcaggcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTgg > 2:918366‑M1/38‑88 (MQ=255) ggTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTgca < 1:1399476/150‑1 (MQ=255) gTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑g < 1:826780/67‑1 (MQ=255) gTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑g > 2:826780/1‑67 (MQ=255) gcgcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGc > 1:847574‑M1/33‑91 (MQ=255) gcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTgg > 2:1433420‑M1/31‑81 (MQ=255) gcctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTgg < 1:1433420‑M1/51‑1 (MQ=255) ctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑gg < 2:1384826‑M1/33‑1 (MQ=255) ctggccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑gg > 1:1384826‑M1/29‑61 (MQ=255) ccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTggg > 1:1638504‑M1/25‑76 (MQ=255) ccgccagttggagggtgtcctttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTggg < 2:1638504‑M1/52‑1 (MQ=255) gctgTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCTCA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCaa > 2:1643423/1‑150 (MQ=255) gctgTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCaa > 2:1200663/1‑150 (MQ=255) ccTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑CTTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCAATTCCCCTATc > 1:1008925/1‑150 (MQ=255) tttaGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGGACCGCGCAATCC‑TGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCAATTCCCCTATCGGTAGc < 1:1181989‑M1/146‑1 (MQ=255) | GCGGTGGTGCAGTCGGGATCTGGTGGGGGCTGGCGCTGGGGCTGGCATGTGCGGCGGTGGCGCTGACCTTTGGCTTTGAGTGGCGGATGAAACGGTTGTTGGGTAAGGCGGGGGTTCGTACAGAAGCTGCTGTTTCGGCCTGACTTCCGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GG‑ATTGCGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTAAAGGACACCCTCCAACTGGCGGCCAGGCGCCTGCAGCAAATACGCCATCAATTCCCCTATCGGTAGC > NC_002947/6009017‑6009310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |