| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,698,852 | Δ1 bp | 6.3% | coding (558/1014 nt) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,852 | 0 | G | . | 6.3% | 351.7 / 17.4 | 111 | coding (558/1014 nt) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/51); new base . (4/3); total (56/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAG > NC_002947/1698706‑1698999 | gCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGATTGCGATTTGCTGGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAt > 1:2122653/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGa > 2:2868825/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGAc > 2:1377968/1‑150 (MQ=255) ggTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGAATG‑TGGACCa < 2:2423016/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAgg < 2:2573280/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAgg < 1:2013729/150‑1 (MQ=255) gCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGACATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgtgtct < 2:897038/150‑3 (MQ=255) agcGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGTTATTGGGGCTTCGGTGGGTG‑‑GCCCGGCGGCGC‑TCGAAGTGCTGCTGAAGTGTTTGCCGGCAGCGGTGCCGGCGGCCAGCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGc < 2:346465/148‑1 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGc > 1:1110660/1‑150 (MQ=255) aCCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGc < 2:678157/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAG‑TTGAAGTGCTGCTCCAGGGTTTGCCGGGAGCGTTTTCGGCGGCAATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGAGTTTGCCg > 1:1449472/1‑150 (MQ=255) cTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAT‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGTCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCa < 1:2675003/150‑1 (MQ=255) tGCGTGAGGCTTCCCAGCGCCGCGTGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAg < 2:2181898/150‑1 (MQ=255) tGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAg < 1:287924/150‑1 (MQ=255) gcgAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCa > 2:119559/1‑150 (MQ=255) gcgAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCa > 1:1129687/1‑150 (MQ=255) tCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGAGGCCGACAG‑‑G‑TCGGAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGaa < 2:2384698/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAAt < 2:1242242/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgt > 2:467298/1‑125 (MQ=255) gccgcGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTca < 1:2035417/150‑1 (MQ=255) gcgGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgtt > 1:2744141/1‑118 (MQ=255) gcgGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgtg < 2:2744141/119‑1 (MQ=255) gggTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGGAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCagcagc > 2:352639/1‑150 (MQ=255) gggTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCagcagc > 1:1043412/1‑150 (MQ=255) gtggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCgccgca > 1:2792316/1‑150 (MQ=255) gtggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCgcagca > 1:2600600/1‑150 (MQ=255) tggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑Tgg > 2:2876695/1‑102 (MQ=255) tggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑Tgg < 1:2876695/102‑1 (MQ=255) aaTCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATgg < 1:2695795/130‑1 (MQ=255) aaTCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATgg > 2:2695795/1‑130 (MQ=255) aaTCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCt > 2:2443855/1‑150 (MQ=255) gggTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCg < 1:2443855/150‑1 (MQ=255) ggcggGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCTAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCt > 1:2021045/1‑150 (MQ=255) gcggGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTg < 1:875605/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTg < 1:2052055/143‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGCCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTg > 2:2052055/1‑143 (MQ=255) ccGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCCGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGaa > 2:687087/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGaa < 2:2600600/150‑1 (MQ=255) gagcagcaCTTCG‑AGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAg > 1:214859/3‑150 (MQ=255) cGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTTCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGAATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAg < 1:1370002/150‑1 (MQ=255) 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ccATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACcaca < 1:1970705/150‑1 (MQ=255) cATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACAt < 2:214859/150‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACAtt > 2:144734/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCg > 1:2416205/1‑150 (MQ=255) tGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGcc > 1:2448714/1‑150 (MQ=255) 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gTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGc < 1:128104/90‑1 (MQ=255) gTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAgg > 2:2220335/1‑112 (MQ=255) gTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAgg < 1:2220335/112‑1 (MQ=255) ccAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACa < 1:1604136/150‑1 (MQ=255) ccAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCAGCAAGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACa > 1:2094766/1‑150 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAg > 1:612242/1‑150 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAg > 2:2743781/1‑150 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCAGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTa < 2:2496188/111‑1 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCAGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTa > 1:2496188/1‑111 (MQ=255) aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGc < 1:75156/118‑1 (MQ=255) aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGc > 2:75156/1‑118 (MQ=255) | GCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTG‑‑GCCCGGCAGCAC‑TCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAG > NC_002947/1698706‑1698999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |