| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,873,802 | Δ1 bp | 7.0% | intergenic (+65/+17) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,873,802 | 0 | A | . | 7.0% | 306.1 / 17.2 | 100 | intergenic (+65/+17) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/45); new base . (2/5); total (50/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCCCA > NC_002947/2873656‑2873952 | gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑gcagca < 2:1107403/150‑1 (MQ=255)gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑gcagca < 2:2796513/150‑1 (MQ=255)gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGCCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑gcagca > 2:574250/1‑150 (MQ=255)gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGAGCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑gcagca < 1:1098245/150‑1 (MQ=255)gATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGCGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCATGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑gcagca < 1:1491816/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCaa > 1:1319842/1‑150 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGCCTAAAGAAGCAGGTGCGCGCAGTCCTCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCTGC‑GCAGCCCatc < 1:375302/150‑3 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGC‑GCAGCCCatc < 2:1367771/150‑3 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAAc > 1:1366641/1‑150 (MQ=255) gCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAAc < 2:6375/150‑1 (MQ=255) gggCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACgg > 1:2109811/1‑150 (MQ=255) gcgcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGTTGGGCTGCTGC‑GCAGCCCatcgcag < 2:1562801/150‑7 (MQ=255) gcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTa < 1:773721/150‑1 (MQ=255) ccTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACTGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAAc < 1:1203313/150‑1 (MQ=255) atGATTATGGCCGCCCCGGCTGCCGGGAGCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACg > 2:360025/2‑150 (MQ=255) ttCTGGTCGCCGTGTCGACCGGTATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGc > 2:2349017/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGcc < 1:2751873/150‑1 (MQ=255) tGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGt > 2:202394/1‑150 (MQ=255) 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tATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAg > 2:1547103/1‑150 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAg > 2:1806353/1‑142 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAg < 1:1806353/142‑1 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGca > 1:309681/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGcacc > 1:1526790/1‑150 (MQ=255) ggTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGcc > 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aCGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGcac < 2:1681967/150‑1 (MQ=255) aCGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCACGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGcac > 1:1965455/1‑150 (MQ=255) cGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCAAGCTGCCCGCAGGGTCCGTTTTTGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGTTTTC‑TCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGcaca < 1:1452952/150‑1 (MQ=255) ggggCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAg > 1:2566918/1‑150 (MQ=255) ggggCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAg < 1:1292530/150‑1 (MQ=255) gggCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGc < 2:309681/150‑1 (MQ=255) aTTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATgg > 1:669530/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATg < 2:180450/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATgg > 1:111909/1‑150 (MQ=255) aGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCAc < 2:1526790/150‑1 (MQ=255) 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gcTGGCGCGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTACCGTAACACCGCGGCCAGCCGAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCa > 2:2208000/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCCCGTTTCCAGCAGCCCTGCCAAt > 2:687200/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCa < 2:1648341/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGTGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGa < 1:1591721/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGa < 2:1689263/150‑1 (MQ=255) cTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATg > 2:711603/1‑103 (MQ=255) cTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATg < 1:711603/103‑1 (MQ=255) cTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATa > 1:1764811/1‑150 (MQ=255) tGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAg > 1:149766/1‑150 (MQ=255) tGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAg > 2:3008891/1‑150 (MQ=255) gCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGa < 1:574250/150‑1 (MQ=255) gATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAAc > 1:2988181/1‑150 (MQ=255) aaTGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATg > 2:2755623/2‑99 (MQ=255) aaTGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATg < 1:2755623/98‑1 (MQ=255) ggCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCaa < 2:1764811/150‑1 (MQ=255) cTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATc > 2:771716/1‑150 (MQ=255) gc‑gcAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAc < 2:149766/150‑1 (MQ=255) gc‑gcAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAc < 1:841298/150‑1 (MQ=255) cagcagCCCAACGGCCTATCAAAGCTGCCGTGACACAGCGGCCAGCCAAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAcccc > 2:1886815/1‑150 (MQ=255) agcagcCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACG‑CCCACGTTTCCAGCATCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCCCa > 2:1448372/1‑150 (MQ=255) | GATGCAAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGC‑GCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACCCCCA > NC_002947/2873656‑2873952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |