New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1581603 = | 125 (1.090) | 7 (0.060) | 6/234 | NT | 5.7% | coding (994/1155 nt) | ttgA | efflux pump periplasmic linker TtgA |
? | NC_002947 | 1581631 = | 110 (1.000) | coding (966/1155 nt) | ttgA | efflux pump periplasmic linker TtgA |
AAGGCCGGGGTCAACGCCAACGCCATCCTGGCACCGCAACAAGGCGTGACCCGCGACCTCAAGGGCGCACCCACCGCCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/1581753‑1581603 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggcCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGCCT > NC_002947/1581631‑1581778 AAGGCCGGGGTCAACGCCAACGCCATCCTGGCACCGCAACAAGGCGTGACCCGCGACCTCAAGGGCGCACCCACCGCACAGGAGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCAAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGG > 1:1301239/1‑150 TGGCACCGCAACAAGGCGTGACCCGCGACCTCAAGGGCGCACCCACCGCCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGG > 2:490576/1‑122 TGGCACCGCAACAAGGCGTGACCCGCGACCTCAAGGGCGCACCCACCGCCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGG < 1:490576/122‑1 TCAAGGGCGCACCCACCGCCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGG < 2:309199/103‑1 CCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGAC > 1:2327788/1‑71 CCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGAC < 2:2327788/71‑1 CCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGA < 1:309199/103‑1 AAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGT < 1:2998204/86‑1 AAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGT > 2:2998204/1‑86 AAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGG < 2:70932/65‑1 AAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGG > 1:70932/1‑65 CAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTG > 2:63800/1‑150 CTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGG < 1:91486/39‑1 CTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGG > 2:91486/1‑39 TGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGC > 2:1926177/1‑150 TGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGC < 2:1050125/150‑1 TGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGC < 1:723931/150‑1 TGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGT > 2:1752736/1‑55 TGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGT < 1:1752736/55‑1 GCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGCCT < 2:526815/150‑1 CCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCA > 2:202320/1‑134 CCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCA < 1:202320/134‑1 AAGGCCGGGGTCAACGCCAACGCCATCCTGGCACCGCAACAAGGCGTGACCCGCGACCTCAAGGGCGCACCCACCGCCCTGGTGGTCAACCAGGAGAACAAGGTCGAACTGCGCCAGCTCAAGGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/1581753‑1581603 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggcCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGCCTTGAGCCGCGCATGCACGAACATGCCT > NC_002947/1581631‑1581778 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |