New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2472183 | 54 (0.470) | 11 (0.140) | 6/166 | NT | 20.2% | intergenic (+44/+105) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase |
? | NC_002947 | = 2472229 | 50 (0.640) | intergenic (+90/+59) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGCA > NC_002947/2472037‑2472330 | ggtgCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGATCACTGCGCTAGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacgac > 1:1593910/1‑150 (MQ=255) gtgCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacgacg < 1:346736/150‑1 (MQ=255) gcgcTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCACTGCGCTGGCGCGGAGCTGATCTATAGCACGCGCCGCCTTCTTCGCGTGTAAGCTCGCTCCTACGACGGc < 2:506096/150‑1 (MQ=255) gcgcTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGc < 1:448363/150‑1 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc < 1:766115/150‑1 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc > 1:1610182/1‑150 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGAATCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGGGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc < 2:1322776/150‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgcgc > 2:733568/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGcc < 1:1034921/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGCTGGAGTTCTGGAGCGGTGTTTTTCTATATCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGcc < 1:2675075/150‑1 (MQ=37) tGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCaaa < 2:1610182/150‑1 (MQ=255) gAGGCGCACAGGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCa < 2:1552064/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 1:2097720/150‑1 (MQ=255) cacaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt > 2:1243263/1‑150 (MQ=255) cacaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt < 1:1813910/150‑1 (MQ=255) acaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGCTCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCGAACACCGAggtgtg < 2:2054733/150‑1 (MQ=255) acaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacgacg < 2:1293676/125‑1 (MQ=255) caAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATgtgtgt < 1:2187826/150‑1 (MQ=255) 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aTGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgt > 1:364172‑M2/1‑146 (MQ=255) gACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtagga > 2:1126974‑M2/1‑144 (MQ=255) aCTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 2:2447327/123‑1 (MQ=255) cTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagc < 2:2915894‑M1/150‑55 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg < 2:1121644‑M1/150‑57 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 2:461332‑M2/1‑140 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcggg < 2:707874‑M1/150‑58 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcggg < 2:2876846‑M1/150‑58 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgcgc > 2:2381817/1‑105 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgcgc < 1:2381817/105‑1 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 1:2864033/119‑1 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt > 2:2864033/1‑119 (MQ=255) cAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcggg > 2:886803‑M2/1‑139 (MQ=255) cgcgAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggttta > 1:579515‑M2/1‑135 (MQ=255) cgAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttac < 2:958292‑M1/149‑63 (MQ=255) aGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgc > 2:1593910‑M2/1‑130 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgaattgaccagatcatggaa > 2:209266‑M1/1‑10 (MQ=255) ccGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgaattgaccagatcatggaa < 1:209266‑M1/136‑127 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgac < 1:364778‑M2/124‑69 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgac > 2:364778‑M2/1‑56 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGt > 2:1046541/1‑138 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGt < 1:1092095/138‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGt < 1:1046541/138‑1 (MQ=255) gCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggag < 2:2915894‑M2/150‑97 (MQ=255) tCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtc > 2:1126974‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCa < 2:287673/150‑1 (MQ=255) cTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccaga > 2:1106166‑M1/1‑4 (MQ=255) tACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtcatt < 1:461332‑M1/150‑148 (MQ=255) tACacctgattgggggtggacacacattggggtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtcatt > 1:1243263‑M1/1‑3 (MQ=255) tACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACCACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGCa > 1:2892621/1‑150 (MQ=255) acacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtcat < 2:364172‑M1/148‑147 (MQ=255) acacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtcat > 1:364172‑M1/1‑2 (MQ=255) cacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttac < 2:1430351‑M1/63‑63 (MQ=255) cacctgattgagggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttac > 1:1430351‑M1/1‑1 (MQ=255) | GGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGCA > NC_002947/2472037‑2472330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |