| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4742647 = | 89 (0.780) | 5 (0.050) | 5/230 | NT | 5.9% | coding (1390/1593 nt) | PP_4197 | GntR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 4742701 = | 76 (0.700) | coding (1336/1593 nt) | PP_4197 | GntR family transcriptional regulator | |||||
CAGTGGTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGCCAGCTGGTAGGCACTGAGGTTCTTGCGATATTCCTGGCGTATGTAGCGCAGATGCCGGTCGTAGCCGCCATTTTCCAGGTAGGCTGCCACGCCCATCTGCGTCACGCTACAGG > NC_002947/4742556‑4742847 | caGTGGTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTgg < 2:2084250/150‑1 (MQ=255) aGTGGTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTggg < 1:1709112/150‑1 (MQ=255) gTGGTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCCGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGt < 2:2392841/150‑1 (MQ=255) gTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTAcc > 1:2126009/1‑150 (MQ=255) gTTGAACTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTAcc < 1:2775420/150‑1 (MQ=255) aCTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCgg < 2:1068640/150‑1 (MQ=255) aCTGCTCTGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCgg > 2:1560853/1‑150 (MQ=255) ctctGTGTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGaa < 1:2907718/150‑1 (MQ=255) tgtgTTACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGtg < 1:2806484/150‑1 (MQ=255) ttACTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGtgctgc < 2:504028/150‑1 (MQ=255) cTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCCGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGtgctgctgc > 2:2328198/1‑150 (MQ=255) cTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGtgctgctgc > 1:1935266/1‑150 (MQ=255) cTGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCAAGTGCGCGCACATGAAGGTCCGGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGtgctgctgc > 2:2410639/1‑150 (MQ=255) tGAATATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCa < 1:1371109/150‑1 (MQ=255) aaTATCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACt < 2:2682194/150‑1 (MQ=255) tatCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGc < 2:2308484/150‑1 (MQ=255) atCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGCAAGTGCTGCTGCACTGc < 1:1736069/149‑1 (MQ=255) atCAGTCCTGGTGCAATGCTGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGCAAGTGCTGCTGCACTGc > 2:1736069/1‑149 (MQ=255) 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tGATGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACGCGCCCGGGCAGGCTCATCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGCTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGCCAGCTGGTAGGCACTGAGGt > 2:1342508/1‑150 (MQ=255) aTGCCCTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGCCAGCTGGTAGGCACTGAGGTTc > 2:1152103/1‑150 (MQ=255) cTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTgg < 2:782748/94‑1 (MQ=255) cTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTgg > 1:782748/1‑94 (MQ=255) cTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGCCAGCTGGTAGGCACTGAg > 2:322964/1‑141 (MQ=255) cTGCTCCAGCGCGCGCACATGCAGCTCCTGGGTATTGACCCGACCGGGCAGGCTCACCCAGAGGATGAAGCCGCCTGTCGGCCGGGTCATCTGGGTACCCTCGGGGAAGTGCTGCTGCACTGCCAGCTGGTAGGCACTGAg < 1:322964/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |