Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,761,360 | T→A | 6.0% | L119Q (CTG→CAG) | gpmI → | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,761,360 | 0 | T | A | 6.0% | 415.2 / 14.2 | 133 | L119Q (CTG→CAG) | gpmI | 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/55); new base A (4/4); total (74/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAACTGC > NC_002947/5761215‑5761509 | gcgcAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtg < 1:1946723/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGAtggtg < 1:1229675/150‑1 (MQ=255) gTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACAAACGCCATACGGAGAGATGAGAGCAACTAAAACCCAGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGgtggtg > 1:58053/1‑150 (MQ=255) tCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGCCTGCTGTCCGATGGTGgtgt > 1:433964/1‑150 (MQ=255) gcgTCGTGTATGAAGAATTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTTGAAAACCAAGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTac > 2:910219/1‑150 (MQ=255) gcgTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTac > 1:2440612/1‑150 (MQ=255) gcgTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCATCGGACAGCAGTCCGaggat > 2:1732879/1‑139 (MQ=255) tcgtGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTAcaca > 1:1532501/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAg < 1:2850567/150‑1 (MQ=255) ggACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGa > 2:1829123/1‑150 (MQ=255) cTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCa > 1:1032084/1‑150 (MQ=255) ttCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCAc < 2:1829919/150‑1 (MQ=255) ttCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCAc > 2:1478582/1‑150 (MQ=255) 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agtCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCa < 1:3066240‑M1/147‑1 (MQ=255) GCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAAATGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCTGCCACGCAgc > 1:1698768‑M1/1‑150 (MQ=255) cGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCt > 1:739406/1‑120 (MQ=255) cGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCt < 2:739406/120‑1 (MQ=255) cacaTCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAg < 1:2791007/150‑1 (MQ=255) tCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAgtcgt < 2:2262626/150‑1 (MQ=255) cTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTcc > 1:1995165/1‑150 (MQ=255) tCGGACTGCTATCCCGTGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTTGCGCTGAAAAGATCTCCCTGCACGCCTTCCTCGACGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCATTCGTccc > 2:1293182/1‑149 (MQ=255) gACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCcgc > 2:986457/1‑116 (MQ=255) tgctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAAc > 2:48313/1‑150 (MQ=255) gctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAACt < 2:3066240/150‑1 (MQ=255) ctgTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCAATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAACTg > 1:2192073/1‑150 (MQ=255) | CTCGGCGCAGGTCGCGTCGTGTATCAGGACTTCACGCGGGTGACCAAGGCCATCCGCGACGGCGAGTTCTTCGAAAACCCGGTACTGACCGGTGCTGTGGACAAGGCAGTCGGTGCTGGCAAGGCCGTGCACATCCTCGGACTGCTGTCCGATGGTGGTGTACACAGCCACCAGGACCACTTGGTGGCCATGGCCGAACTGGCCGCCCAGCGTGGCGCTGAAAAGATCTACCTGCACGCCTTCCTCGATGGCCGCGACACCCCGCCACGCAGCGCGCAGTCGTCCATCGAACTGC > NC_002947/5761215‑5761509 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |