| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,790,681 | A→T | 6.8% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,681 | 0 | A | T | 6.8% | 406.6 / 18.3 | 134 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/60); new base T (5/4); total (69/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTT‑TCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCC > NC_002947/5790532‑5790828 | ccGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTT‑TCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa < 2:2918487/150‑1 (MQ=255)ccGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTT‑TCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa < 1:395940/150‑1 (MQ=255) aaTGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTT‑TCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg < 2:1490842/150‑1 (MQ=255) 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tACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCaa > 1:627120/1‑140 (MQ=255) tACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAacac > 2:2329179/1‑150 (MQ=255) agtaaaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg < 2:2613145/105‑1 (MQ=39) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATg > 1:2790087/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATg > 2:1246423/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCa > 2:2032970/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGcc < 2:1394290/124‑1 (MQ=255) aCCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAg > 1:1681560/1‑150 (MQ=255) cccGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGt > 1:713055/1‑150 (MQ=255) ccGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTg > 1:2167548/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGc < 2:1094594/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGGATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGcc > 1:743489/1‑114 (MQ=255) gAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGGATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGcc < 2:743489/114‑1 (MQ=255) gAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGcc > 2:1323891/1‑150 (MQ=255) | CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTT‑TCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCC > NC_002947/5790532‑5790828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |