| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,911,613 | T→G | 5.4% | T201P (ACG→CCG) | spuB ← | glutamylpolyamine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,911,613 | 0 | T | G | 5.4% | 268.2 / 6.2 | 92 | T201P (ACG→CCG) | spuB | glutamylpolyamine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/44); new base G (2/3); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
TTTGGCCATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCGGGT > NC_002947/5911464‑5911762 | tttGGCCATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCgt < 1:1340815/150‑1 (MQ=255) gCCATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCg < 2:2363936/150‑1 (MQ=255) ccATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGa < 1:2195109/150‑1 (MQ=255) ccATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGa > 1:1971561/1‑150 (MQ=255) ccATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGa < 1:1420507/150‑1 (MQ=255) cATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACTAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTGGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAg < 2:1184897/150‑1 (MQ=255) cATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAg > 2:2482501/1‑150 (MQ=255) aTGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAgg < 1:1445898/150‑1 (MQ=255) tGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGt < 1:2482501/150‑1 (MQ=255) tGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGt < 1:1746811/150‑1 (MQ=255) aaaGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGGGTCGAGGTcc < 1:2642354/150‑1 (MQ=255) aaGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCa < 1:1407241/150‑1 (MQ=255) gCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAgctgc < 1:1531340/150‑1 (MQ=255) cAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAgctgct < 2:1971561/150‑1 (MQ=255) aGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAgctgc < 1:1238370/148‑1 (MQ=255) aGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAgctgc > 2:1238370/1‑148 (MQ=255) ccACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCa > 2:1574426/1‑150 (MQ=255) aCGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGc > 1:1993835/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAg > 1:1860493/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAg > 2:2033080/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGGGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCCCGCACCAg > 2:2046555/1‑150 (MQ=255) gccgccTCGCGCATGGTCCACTTGAACACCCGAATCTGGTCGGCCAGGTGCAGACCGTCGCCGTGACGGAAGTGGATTTTCAGCCGCCACGGGCCGGCTTCGGTGGTTAGCGTGTCGAGGGCAAGCTGCTGAAGCTAGCAGCAGTCgggg > 2:349722/1‑147 (MQ=255) gccTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAgg < 2:979645/117‑1 (MQ=255) gccTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAgg > 1:979645/1‑117 (MQ=255) tCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCt > 2:2442727/1‑150 (MQ=255) gcgcATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTc < 2:1860493/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACa > 2:1166420/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCg < 1:1166420/150‑1 (MQ=255) cgcTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGc > 1:2745279/1‑121 (MQ=255) cgcTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGc < 2:2745279/121‑1 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cGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCgg > 2:2468078/1‑150 (MQ=255) ggAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCAc < 1:2719496/74‑1 (MQ=255) ggAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCg > 2:45998/1‑92 (MQ=255) ggAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCg < 1:45998/92‑1 (MQ=255) ggAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCg < 2:2252607/150‑1 (MQ=255) ggAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCg > 1:586262/1‑150 (MQ=255) 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tgccgtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCgggg > 1:1191524/1‑150 (MQ=255) ccgtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGc > 1:1762868/1‑150 (MQ=255) ccgtCTTCGTGGATCAGCGGGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGc < 1:2046555/150‑1 (MQ=255) cgtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGc > 2:373197/1‑114 (MQ=255) cgtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGc < 1:373197/114‑1 (MQ=255) cgtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGATGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCt < 2:1392337/150‑1 (MQ=255) gtCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTg < 2:1876269/150‑1 (MQ=255) ttCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAg < 2:1993835/150‑1 (MQ=255) tGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCTGGGGCTGCAGCGGa < 2:1737100/150‑1 (MQ=255) gATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTCACGCGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGaaa > 1:2337466/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCgg > 1:1053429/1‑113 (MQ=255) aTCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCgg < 2:1053429/113‑1 (MQ=255) gCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCg > 2:1072303/1‑150 (MQ=255) gCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCg > 1:2186818/1‑150 (MQ=255) cGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGTCGAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCgg < 1:2202593/150‑1 (MQ=255) cGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCgg < 1:2858614/150‑1 (MQ=255) tgtCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCtt > 2:1201982/1‑45 (MQ=255) tgtCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCtt < 1:1201982/45‑1 (MQ=255) tgtCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCGGGt < 2:1191524/150‑1 (MQ=255) | TTTGGCCATGAAAGTGGCAGCCACGTTGTGCTTGAGCGCCGCCTCGCGCATGGTGCGCTTGAACACCAGGATCTGGTCGGCCAGGTGCAGAGCGTCGCCGTGACGGAAGTTGATTTCCATCTGCGCCGTGCCGTCTTCGTGGATCAGCGTGTCGAGGTCCAGCTGCTGCAGCTCGCACCAGTCGTAGACGTCTTCGAACAGCGGGTCGAATTCGTTGGCAGCTTCGATCGAGAAAGACTGACGGCCGGTTTCCGGGCGACCGGAACGGCCTACCGGGGGCTGCAGCGGAAAGTCCGGGT > NC_002947/5911464‑5911762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |