| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,129,232 | A→G | 5.4% | intergenic (+38/+29) | PP_5376 → / ← PP_5377 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,129,232 | 0 | A | G | 5.4% | 386.8 / 7.5 | 128 | intergenic (+38/+29) | PP_5376/PP_5377 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/63); new base G (2/5); total (60/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGGGAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCG‑CG‑CAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTGG > NC_002947/6129085‑6129380 | tgtgACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCG‑CG‑CAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTg > 2:1944281/1‑150 (MQ=255) tgtgACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCG‑CG‑CAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTg > 1:769592/1‑150 (MQ=255) gtgACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCG‑CG‑CAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCTTTTAAGGCGCCGttttc < 1:2637826/150‑3 (MQ=255) 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aaaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGga > 2:2320822/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACtt > 2:1645219/1‑138 (MQ=255) aaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACtt < 1:1645219/138‑1 (MQ=255) aaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGgag > 1:503111/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGgag > 1:1686170/1‑150 (MQ=255) acgtacaCGGCTCCGTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTATGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGgaga < 1:1574941/144‑1 (MQ=255) aaaCGGCGCTTTTAAGGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATAct < 1:528309/61‑1 (MQ=25) aaaCGGCGCTTTTAAGGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATAct > 2:528309/1‑61 (MQ=25) aaCGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTg > 1:1739273/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCg > 1:1894947/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCgg < 2:2277995/150‑1 (MQ=255) gcCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCa < 1:2089730/150‑1 (MQ=255) ttAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAAGGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTGATCACGTCGGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATACACTTCAATACCTGGAGAGCATGCCGGCATAc > 2:530789/1‑150 (MQ=255) tAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATAcc > 2:1056555/1‑150 (MQ=255) aaaaGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCgg < 1:1176042/143‑1 (MQ=255) aaaaGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCgg > 2:1176042/1‑143 (MQ=255) aaGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACCTCCATACCTGGCGCGCCTGCCGGCATACCTgg < 2:41933/150‑1 (MQ=255) | GGGGAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCG‑CG‑CAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTGG > NC_002947/6129085‑6129380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |