Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 937,771 | A→T | 5.4% | A2618A (GCT→GCA) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 937,771 | 0 | A | T | 5.4% | 406.7 / 12.5 | 132 | A2618A (GCT→GCA) | PP_0806 | surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/56); new base T (4/3); total (71/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GAACCGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAATGCT > NC_002947/937622‑937917 | gAACCGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGgcagcg‑ca > 1:608617/1‑150 (MQ=255) gCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCgg > 1:1362739/1‑150 (MQ=255) cTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCggg < 2:1169527/150‑1 (MQ=255) cTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCggg > 1:2955281/1‑150 (MQ=255) tgctgctgcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGggtcga < 1:2661565/150‑1 (MQ=255) gcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGAt < 2:671352/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATc < 1:65803/150‑1 (MQ=255) cATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCa < 2:1452148/150‑1 (MQ=255) 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aGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGt > 1:257764/1‑150 (MQ=255) gCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTa > 1:723341/1‑150 (MQ=255) gacgacCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGTGGTCGATCAGGAAAGTAcc < 2:1471011/150‑1 (MQ=255) gacgacCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTAcc < 1:2808096/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCTAGGGCTGCTCGGCGTGCCCACCAGTGGCACGTCGTAGGTGAGCGCTTCAGGCGAGTGGCCGATCGGGTCGGTCTGTAGCCGGACACGGCG‑TCGCCTGGGGCCGACCGCCGGGCCGAGGTCGCTGAGGAAAGCACCGTTca < 2:621247/150‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) accaccAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGc < 1:3054636/150‑1 (MQ=255) ccccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGGCTGTACGAGTCGCATGCGTTCACTCTGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGt < 2:871502/148‑1 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCgg < 1:2086049/93‑1 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCgg > 2:2086049/1‑93 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATc > 1:258457/1‑106 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATc < 2:258457/106‑1 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGt > 1:842507/1‑126 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGt < 2:842507/126‑1 (MQ=255) caccaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTa < 2:667893/139‑1 (MQ=255) accaGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTg > 1:1417806/1‑150 (MQ=255) aGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGggtcgagg < 2:1907294/96‑1 (MQ=255) aGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGggtcgagg > 1:1907294/1‑96 (MQ=255) 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> 1:2601588/1‑149 (MQ=255) gagGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCa > 1:2778327/1‑150 (MQ=255) agGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCAc > 1:1549950/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCAcc < 2:2778327/150‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCg > 2:702676/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCg > 2:45941/1‑101 (MQ=255) cGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCg < 1:45941/101‑1 (MQ=255) 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ggCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTcgccgc < 1:2707103/132‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGc < 2:1553294/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCAcc < 1:1589337/118‑1 (MQ=255) tCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCAcc > 2:1589337/1‑118 (MQ=255) tCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGt > 1:2274966/1‑150 (MQ=255) gCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGgc > 1:1706156/1‑150 (MQ=255) acctcgaCCCGGCTGCG‑CTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTc < 2:101751/114‑1 (MQ=255) acctcgaCCCGGCTGCG‑CTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTc > 1:101751/7‑120 (MQ=255) gTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACGAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGgcgc > 2:730263/1‑150 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCG‑CTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAg > 1:1988961/5‑108 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCG‑CTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAg < 2:1988961/104‑1 (MQ=255) ttCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGAc < 2:2099338/125‑1 (MQ=255) ttCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATAAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGAGCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGcc < 1:1056101/150‑1 (MQ=255) tcgaCCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGCTCGCGTTGACTGTGCCGGTACCGAGCAGCGTGCCATTGGCATAGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGcc > 1:838139/4‑150 (MQ=255) cACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCcga < 1:730263/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCcgac > 1:3045285/1‑150 (MQ=255) cccGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCGACTCGCTCCACTCACCTCGACGGTAGTACCGGATTCGAGGCAACCGCCACAGCGCAGGCGGTCGGCGCcgacg > 1:1595216/1‑150 (MQ=255) 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gcagcg‑cagcCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACaa > 2:1025063/1‑150 (MQ=255) cg‑cagcCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAAtgct < 1:910830/150‑1 (MQ=255) | GAACCGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCG‑CAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAATGCT > NC_002947/937622‑937917 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |