Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,310,124 | A→T | 6.6% | L472Q (CTG→CAG) | PP_1144 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,310,124 | 0 | A | T | 6.6% | 327.2 / 9.2 | 106 | L472Q (CTG→CAG) | PP_1144 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/54); new base T (4/3); total (49/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTG > NC_002947/1309977‑1310270 | gCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGagcagc > 2:1810910/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGagcagc > 1:1670852/1‑150 (MQ=255) cTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAgcg > 1:311229/1‑150 (MQ=255) ttCGGCAATGCCGACAAAAC‑GTCGGGCCCGAGCAAGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGcc > 1:818246/1‑150 (MQ=255) ggCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCAGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCATACACAGAGCGCGCTCTTAGAGCAGCGCCac > 2:154959/1‑149 (MQ=255) cAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGgc < 2:2621718/150‑1 (MQ=255) aTGCCGACTAAACGGTCGGGCCAGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGgcgc < 1:779397/150‑1 (MQ=255) cGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGct > 2:307187/1‑150 (MQ=255) aaaaCGGTCAGGACTGCGCCGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCtcttc < 2:710348/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 1:1293455/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 2:465859/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCttcttc < 1:1792093/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCa < 2:1317459/150‑1 (MQ=255) cGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGtt < 1:2510650/150‑1 (MQ=255) ggCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGc > 2:2314476/1‑150 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAg < 2:1670852/150‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGCAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAg < 1:2224659/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAgg < 2:778861/150‑1 (MQ=255) 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cacacacaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATg > 1:2447903/1‑150 (MQ=255) acacacaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGc < 1:2314476/150‑1 (MQ=255) acacaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTCCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCtt < 1:1294134/150‑1 (MQ=255) acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt > 1:2963791/1‑103 (MQ=255) acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt < 2:2963791/103‑1 (MQ=255) acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGa < 2:915938/150‑1 (MQ=255) acaGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGa > 1:239898/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagc > 1:1459954/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagc < 1:154959/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagc > 1:611053/1‑150 (MQ=255) cccGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGagcag > 1:1316223/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGtt > 1:1095265/1‑107 (MQ=255) cgcgCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGct > 1:156405/1‑150 (MQ=255) gcTCTTCGAGCAGCGCCATTCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt < 2:2549367/94‑1 (MQ=255) gcTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGtt > 1:2549367/1‑94 (MQ=255) aagaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTg > 1:292563/6‑108 (MQ=255) aagaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTg < 2:292563/103‑1 (MQ=255) ttCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGt < 1:1672938/68‑1 (MQ=255) ttCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGt > 2:1672938/1‑68 (MQ=255) ttCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGc < 2:1710519/150‑1 (MQ=255) gaagAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:1559643/4‑105 (MQ=255) agAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt < 1:293945/102‑1 (MQ=255) agAGCTGCGCCTGGCGCTGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:293945/2‑103 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGATGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt < 1:2026678/102‑1 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGATGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCtt > 2:2026678/1‑102 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCt > 1:817005/1‑131 (MQ=255) gAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCt < 2:817005/131‑1 (MQ=255) agcagcGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCtgtg < 1:2508425/150‑1 (MQ=255) | GCTTCGGCAATGCCGACAAAACGGTCGGGCCCGAGCAGGCCGTGTTGAGGATGCTGCCAGCGTACCAGCGCTTCCAGTTTGGCCACTTGCCCGCTGCGCAGGTCGAAGATCGGCTGGTAGTGCACACACAGCCCGCGCTCTTCGAGCAGCGCCAGGCGCAGCTCTTCTTCCAGTTGCAAGGCGATCGACGCGCGAGCCTTCAGGCTGTCATTGAAGAAATTCAGGCTGTTGCGCCCGTTGTCCTTGGATTGGTAGAGGGCCAGGTCGGCATGCTTGAGCAGCTCTTCGGCTGTG > NC_002947/1309977‑1310270 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |