| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 165,929 | G→T | 8.4% | A326A (GCC→GCA) | pntAA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 165,929 | 0 | G | T | 8.4% | 366.4 / 12.8 | 117 | A326A (GCC→GCA) | pntAA | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/49); new base T (4/6); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCGC > NC_002947/165780‑166078 | gCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAg < 2:146224/150‑1 (MQ=255)gCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAg < 1:2578171/150‑1 (MQ=255) ttAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATc > 1:151390/1‑150 (MQ=255) tAGCTGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCg < 2:2722463/150‑1 (MQ=255) aGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg < 1:2179314/150‑1 (MQ=255) gCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGc < 2:151390/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGAACACCAGGAAGGCCAACACTTCGCGCACCTTGGGGGAGTTGAGCTGCGCTCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCAc > 1:836137/1‑150 (MQ=255) gtgtttGCGGACTACCTTACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACt < 2:332620/147‑1 (MQ=255) tttttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtg < 2:2250998/150‑2 (MQ=255) tGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGTTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCt < 1:838806/150‑1 (MQ=255) cGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtgtacgca < 1:1640342/150‑8 (MQ=255) ggACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTggg > 1:148101/1‑150 (MQ=255) acgacCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGcc > 2:2966627/1‑150 (MQ=255) ccTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCa > 2:1538925/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg > 1:3011334/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAAACGACGAATACACG‑CCCACACCAGGTGTCTTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAg > 1:2664006/1‑150 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGCTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGc < 1:1939488/144‑1 (MQ=255) cTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGCTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGc > 2:1939488/1‑144 (MQ=255) 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atgaggcaggcCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcgacg > 2:768574/4‑150 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCgg > 2:2803483/1‑143 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCgg < 1:2803483/143‑1 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcgacg > 2:179054/1‑150 (MQ=255) tCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg > 1:2351181/1‑114 (MQ=255) tCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg < 2:2351181/114‑1 (MQ=255) 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cgtcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGca > 2:449882/1‑150 (MQ=255) cgtcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGca < 1:2705299/150‑1 (MQ=255) gtcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGc > 1:272597/1‑105 (MQ=255) gtcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGc < 2:272597/105‑1 (MQ=255) gtcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGCCGCACAGCAG‑CATCAGGAAGTCCAGCAGGGTGCGTGCGTACAGGGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGAAGATCACACCGTTTTCCTGcac > 2:315060/1‑150 (MQ=255) tcTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGcacc > 2:875856/1‑150 (MQ=255) 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tgatCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcga < 2:1421134/111‑1 (MQ=255) atCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACg < 2:2664006/150‑1 (MQ=255) tCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTc > 1:2988439/1‑101 (MQ=255) tCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTc < 2:2988439/101‑1 (MQ=255) gcgcCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGc < 1:449882/150‑1 (MQ=255) gcCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCg < 2:2191457/115‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGaccacc < 1:2331039/150‑1 (MQ=255) gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc > 2:2932368/1‑150 (MQ=255) gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc < 2:711732/150‑1 (MQ=255) gtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGc > 2:2433557/1‑150 (MQ=255) tgcgtACAGTGCCGAGGTATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcga > 1:2694797/1‑56 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc > 1:1597590/1‑72 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTtctc < 2:1597590/72‑1 (MQ=255) tgaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTggg < 1:572376/115‑1 (MQ=255) gaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCtt > 2:1261423/2‑150 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACg > 1:142151/1‑60 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGt < 2:66879/90‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGt > 1:66879/1‑90 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg < 1:654830/111‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTg > 2:654830/1‑111 (MQ=255) gAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgc < 1:875856/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgcgc < 2:3011334/150‑1 (MQ=255) ggCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTgcgc < 1:2539147/150‑1 (MQ=255) | GCTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGTCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAG‑CTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCTGCGC > NC_002947/165780‑166078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |