Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,425,668 | 0 | G | A | 7.5% | 522.3 / 19.4 | 181 | intergenic (+63/‑442) | PP_1249/PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/86); new base A (8/6); total (89/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCGG > NC_002947/1425519‑1425814 | aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCgg < 2:2128631/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATGTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGt > 1:2062281/1‑150 (MQ=255) ttCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGTACATGGCCGGGGGttttt < 2:1148486/150‑1 (MQ=255) 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gTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGa < 1:2665541/120‑1 (MQ=255) gATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt > 2:2677004/1‑150 (MQ=255) aTCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGaa < 2:149056/145‑1 (MQ=255) ccAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGTGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTg > 2:176473/1‑99 (MQ=255) aaaaacccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa < 1:1511870/111‑1 (MQ=14) gCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 2:199464/83‑1 (MQ=255) gCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGt < 1:1015860/108‑1 (MQ=255) acccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa < 2:2077521/149‑1 (MQ=255) ccccGGTCATGGACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTcc > 1:341700/1‑114 (MQ=255) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGa < 1:2204883/97‑1 (MQ=14) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGa > 2:2204883/1‑97 (MQ=14) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAgg > 1:560342/1‑150 (MQ=11) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc < 1:1335634/115‑1 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc > 2:1335634/1‑115 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt > 1:1890236/1‑139 (MQ=255) cccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAGGTGGGTGACTTGGAGGGGAAAGTCCTCTGCACACCCGGCAAGGGGAGGTGTTAGCCGGAggg > 1:31215/1‑149 (MQ=11) acaTGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc > 1:855436/1‑104 (MQ=255) acaTGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAggg > 1:1688879/1‑121 (MQ=40) aTGGCCGGGTGTGGTTGTGGGCTCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCgg > 2:1582652/1‑150 (MQ=11) aTGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTAt < 1:2106109/47‑1 (MQ=255) tGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTggg > 1:1754018/1‑79 (MQ=255) | TACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGCGG > NC_002947/1425519‑1425814 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |