Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,342,146 | T→G | 5.9% | intergenic (+18/‑46) | yraO → / → PP_2058 | transporter YraO/porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,342,146 | 0 | T | G | 5.9% | 433.8 / 14.3 | 155 | intergenic (+18/‑46) | yraO/PP_2058 | transporter YraO/porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/74); new base G (5/5); total (76/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAG > NC_002947/2342001‑2342290 | cATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGa < 1:2581538/150‑1 (MQ=255) tCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCAc < 2:1610023/150‑1 (MQ=255) aCCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCa > 1:185563/1‑150 (MQ=255) 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aaGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGa > 1:152168/1‑150 (MQ=255) aaGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGa > 2:2132585/1‑150 (MQ=255) tcagcggggCGCCGAGCGGCGCCCTGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGt < 1:646274/121‑1 (MQ=255) tcagcggggCGCCGAGCGGCGCCCTGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGt > 2:646274/7‑127 (MQ=255) cACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTc < 2:1744350/139‑1 (MQ=255) cACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTc > 1:1744350/1‑139 (MQ=255) aCCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCAGCGTGTG‑GGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGc > 1:966946/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAAc < 1:10471/55‑1 (MQ=255) cccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAAc > 2:10471/1‑55 (MQ=255) cccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGca < 1:2132585/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAtt < 1:1326294/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAtt > 2:1326294/1‑69 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACaggcagccagccgcacagcaggccacaagtg > 1:2312211‑M1/1‑87 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACaggcagccagccgcacagcaggccacaagtg < 2:2312211‑M1/118‑32 (MQ=255) ggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGaa > 1:2725923/1‑138 (MQ=255) ggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGaa < 2:2725923/138‑1 (MQ=255) gcgcCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGtt < 2:2099811/129‑1 (MQ=255) | TGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCCTGC‑TGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAG > NC_002947/2342001‑2342290 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |