| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,824,561 | A→C | 5.9% | E44A (GAG→GCG) ‡ | PP_2478 → | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,824,561 | 0 | A | C | 5.9% | 295.1 / 8.8 | 101 | E44A (GAG→GCG) ‡ | PP_2478 | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/47); new base C (4/2); total (52/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGGTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGC > NC_002947/2824413‑2824708 | aGGTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAg > 2:2485946/1‑150 (MQ=255) gTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggc > 2:205291/1‑150 (MQ=255) ttGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAggcg > 2:1897455/1‑150 (MQ=255) 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aaaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGc < 2:782088/139‑1 (MQ=255) aaaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGc > 1:782088/1‑139 (MQ=255) aaaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg < 1:225117/150‑1 (MQ=255) aaGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGt < 1:1698821/150‑1 (MQ=255) gCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGa < 1:1897455/150‑1 (MQ=255) 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gATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTAc < 2:1823407/150‑1 (MQ=255) gTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGa > 2:2374145/1‑138 (MQ=255) gTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGa < 1:2374145/138‑1 (MQ=255) tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg < 2:164753/122‑1 (MQ=255) tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg < 2:164683/122‑1 (MQ=255) tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg > 1:164753/1‑122 (MQ=255) tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg > 1:164683/1‑122 (MQ=255) tCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGcc < 2:2646366/150‑1 (MQ=255) cccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCt > 2:1386318/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAg < 1:2476982/110‑1 (MQ=255) ccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAg > 2:2476982/1‑110 (MQ=255) ccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCtt > 1:2210894/1‑150 (MQ=255) 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< 2:2776957/110‑1 (MQ=255) ctctTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTgg > 1:2776957/1‑110 (MQ=255) gCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGccc > 2:1942827/1‑150 (MQ=255) gCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCTCGGCGGCTGCg < 1:2684721/86‑1 (MQ=255) gCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCTCGGCGGCTGCg > 2:2684721/1‑86 (MQ=255) cGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGc < 1:1979170/148‑1 (MQ=255) cGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGc > 2:1979170/1‑148 (MQ=255) 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gCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGt < 2:2760864/150‑1 (MQ=255) gCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGt > 2:611899/1‑150 (MQ=255) gCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGt < 1:2485946/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTAt > 2:1143506/1‑150 (MQ=255) ctgccgcAGCCGCCTCGGCGGCTGCAGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGGGCGCAAACGGGTATTg > 1:2745109/5‑150 (MQ=255) aaaGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTcc > 2:1991175/1‑75 (MQ=255) aaaGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTcc < 1:1991175/75‑1 (MQ=255) cgcAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCat < 1:397111/150‑1 (MQ=255) gcAGCCGCCTCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTGCGCGGAGGGTTAAGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGCTCTCGCCGAAAATTGAAAAGGGCCAGGGGTGGCAAACCGGCCTTGCCatt > 2:681783/1‑149 (MQ=255) gccgccGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCatgatg > 2:493160/1‑150 (MQ=255) cgAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGc < 2:2210894/150‑1 (MQ=255) | AGGTTGAGGAGGCGTGAGATGAAAAAGCCTAACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGATGGTCGC > NC_002947/2824413‑2824708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |