| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,958,842 | G→C | 8.5% | intergenic (+65/+77) | PP_2589 → / ← PP_2590 | aldehyde dehydrogenase family protein/ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,958,842 | 0 | G | C | 8.5% | 374.1 / 21.4 | 120 | intergenic (+65/+77) | PP_2589/PP_2590 | aldehyde dehydrogenase family protein/ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/51); new base C (2/8); total (61/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGTG > NC_002947/2958696‑2958986 | ggggTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCt > 2:1971581/1‑150 (MQ=255) ggTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGa < 2:2276853/150‑1 (MQ=255) tttGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAgg < 2:2707528/150‑1 (MQ=255) tgccactgacccagaccctggggttgggggcgccgcggacctatcagctttcggctagcgtggacttctaaccgggtcccgccgcggcgccagatacggcctcttcgcgggcgcGCCCGCTCCCACAGGTCCAGCACAAGTCTGAGGGtt > 1:1015898‑M1/115‑150 (MQ=255) aTCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTgg > 1:2859236/1‑150 (MQ=255) tGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTtgtg > 1:2857987/1‑143 (MQ=255) tGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGAcc < 1:1971581/150‑1 (MQ=255) gTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCt < 2:2859236/150‑1 (MQ=255) cagaccctggggttgggggcgccgcggacctatcagctttcggctagcgtggacttctaaccgggtcccgccgcggcgccagatacggcctcttcgcgggcgcGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCt > 1:1230382‑M1/104‑150 (MQ=255) tCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCtg > 2:2346861/1‑150 (MQ=255) cACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTCCAGCACAACCCTCAGACTTGTGCTGAACCtgt < 1:2537923/150‑1 (MQ=37) aCTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTCCAGCACAACCCTCAGACTTGTGCTGAACCtgtg < 1:1429449/150‑1 (MQ=37) cTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGa < 2:1767613/143‑1 (MQ=255) cTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTgg < 2:2495342/150‑1 (MQ=255) tGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCtgt < 2:2231953/147‑1 (MQ=255) tGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCtgt > 1:2231953/1‑147 (MQ=255) tGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTgg < 2:1881966/149‑1 (MQ=255) tGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTgg > 1:1881966/1‑149 (MQ=255) tcgttcgACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCgg < 1:2346861/150‑1 (MQ=255) gACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCGAAAAGCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGAGATCggaagagc > 1:2336506/1‑144 (MQ=255) gACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGc < 2:1962099/127‑1 (MQ=255) gACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGgcgcgc > 1:195007/1‑150 (MQ=255) aCAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTCCAGCACAACCCTCAGACTTGTGCTGAACCTGTGGGAGCGGgcatgcc < 1:1067678/150‑6 (MQ=18) 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2:942185‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGt < 1:668935‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGTCCAGCACAACCCTCAGACTTGTGCTGAACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGtt < 1:1116143‑M1/94‑1 (MQ=255) ACAGGTCCAGCACAACCCTCAGACTTGTGCTGAACCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTc < 1:1353683‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCt < 2:965137‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTg < 1:1439208‑M1/150‑1 (MQ=255) GTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTggg < 2:1333599‑M1/150‑1 (MQ=255) GTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTggg < 1:1882542‑M1/150‑1 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTTGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGt < 1:1154378/150‑1 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTa < 1:639113/86‑1 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTa > 2:639113/1‑86 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCa < 1:2165267/148‑1 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCa > 2:2165267/1‑148 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGt > 2:2304574/1‑150 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGt > 1:3035112/1‑150 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGt < 1:976006/150‑1 (MQ=255) gCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGt > 2:2570795/1‑150 (MQ=255) cacaAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGTg > 1:1540258/1‑150 (MQ=255) cacaAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGTg > 2:2156663/1‑150 (MQ=255) cacaAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGAGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGTg < 1:404826/150‑1 (MQ=255) | GGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGTATCTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGTTAGAAGTCCACGCTAGCCGAAAGCTGATAGGTCCGCGGCGCCCCCAACCCCAGGGTCTGGGTCAGTG > NC_002947/2958696‑2958986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |