| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,249,710 | G→T | 8.9% | L429L (CTG→CTT) | ureC → | urease subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,249,710 | 0 | G | T | 8.9% | 399.6 / 14.8 | 129 | L429L (CTG→CTT) | ureC | urease subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/59); new base T (5/7); total (63/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGCCGATGTTCGGCG > NC_002947/3249561‑3249858 | cAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTg > 1:1804345/1‑150 (MQ=255) aGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTgg < 2:318503/150‑1 (MQ=255) gATGAAGCTGCGTCGCGGTCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGc > 2:1736687/1‑150 (MQ=255) aTGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGcc > 2:2693642/1‑150 (MQ=255) tGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCg > 2:2198498/1‑150 (MQ=255) gCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCCCCCATTGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCCAGCTTGCCGACCt < 1:1467444/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCt > 1:1731602/1‑150 (MQ=255) cTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTg < 2:600623/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGCGGCTGGCACCGCACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCt < 1:504426/150‑1 (MQ=255) gcgGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCtgt < 1:1746406/150‑1 (MQ=255) gccacgggCACCGGACACCCCAGACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTc < 1:432678/144‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCCGCTCCTTCCAGGTCAATCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTc < 2:2803800/150‑1 (MQ=255) aCCGGACAACCCGTACAGCGACAACTTCCGCGTCAACCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGCAACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGATCGATGGAGGTCGGCTACCTGGACCACCTGCTGCTATGGTCGACAGCgcc > 2:267356/1‑148 (MQ=255) 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tGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCAt < 2:2022824/150‑1 (MQ=255) gCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACGTCAACGGCTCCATac < 2:3043233/150‑1 (MQ=255) cACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCAccccc > 1:1851441/1‑150 (MQ=255) aCGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATaccca > 2:228845/1‑144 (MQ=255) aCGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATaccca < 1:228845/144‑1 (MQ=255) aCGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCAccccc < 2:1451981/149‑1 (MQ=255) aCGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACAGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCAccccc > 1:1451981/1‑149 (MQ=255) tGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCgg < 1:1306539/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCAc < 2:1755587/150‑1 (MQ=255) gTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGc > 1:146966/1‑120 (MQ=255) gTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGc < 2:146966/120‑1 (MQ=255) tGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATc > 2:76934/1‑150 (MQ=255) accaGGTCGGCCAGCTTGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATc > 1:1845620/4‑89 (MQ=39) ccaGGTCGGCCAGCTTGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCg > 1:1645921/3‑150 (MQ=255) ccaGGTCGGCCAGCTTGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCg > 1:889303/3‑150 (MQ=255) caGGTCGGCCAGCTTGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCgg < 2:889303/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGc < 1:448771/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGc < 2:59349/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGCGACGATCTTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGTTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCGTGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGc < 2:1872429/150‑1 (MQ=255) gTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGCCg > 1:2453622/1‑150 (MQ=255) ggCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCa < 1:2153345/115‑1 (MQ=255) ggCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCa > 2:2153345/1‑115 (MQ=255) cAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGCCGATGtt < 1:1119289/150‑1 (MQ=255) tGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTAACGCCGTGCCTGGTGCTCAAGGGGGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGCCCGATGTTCGgcg > 2:17441/1‑150 (MQ=255) | CAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGTCGGCAAGCTGGCCGACCTGGTGCTGTGGTCGCCAGCGTTCTTTGCGGTCAAGCCGGCCCTGGTGCTCAAGGGCGGGATGATCGTCACCGCGCCCATGGGCGACATCAACGGCTCCATACCCACCCCCCAGCCGGTGCACTATCGGCCGATGTTCGGCG > NC_002947/3249561‑3249858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |