Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,274,879 | T→A | 5.1% | H198Q (CAT→CAA) | eamA → | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,274,879 | 0 | T | A | 5.1% | 361.1 / 8.1 | 118 | H198Q (CAT→CAA) | eamA | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/47); new base A (3/3); total (68/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGAT > NC_002947/3274732‑3275028 | cGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGCAACGTGCCGATTGCATTGGCCATGc < 2:1808014/150‑1 (MQ=255) gATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGc > 1:2188934/1‑150 (MQ=255) aTGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGcc > 2:920644/1‑150 (MQ=255) aTGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGcc < 1:490398/150‑1 (MQ=255) tgGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAat > 2:891292/1‑150 (MQ=255) ggggCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAata > 1:2851151/1‑150 (MQ=255) ggCGTGCGCAACAGCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATc < 2:390642/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGTATTGGCCAAGGCATGGCCAatgc < 1:714234/148‑3 (MQ=255) 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cTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGGTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGt < 2:2011147/150‑1 (MQ=255) gCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa > 2:3040789/1‑150 (MQ=255) gCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGAAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa > 1:1634097/1‑150 (MQ=255) aaCATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAg > 1:1663526/1‑143 (MQ=255) aaCATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAg < 2:1663526/143‑1 (MQ=255) 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c‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGc < 1:2013710/121‑1 (MQ=255) tggtggCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCaaa > 1:660631/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAata < 2:354808/39‑1 (MQ=255) tGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAata > 1:354808/1‑39 (MQ=255) tGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTtgt > 2:2647950/1‑82 (MQ=255) tGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCAcc > 2:2008915/1‑132 (MQ=255) tGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGgcgc > 2:2323800/1‑150 (MQ=255) 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gcgcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCt > 2:588109/1‑93 (MQ=255) gcgcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCgctgct > 1:1664683/1‑150 (MQ=255) cgcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGc > 2:2901155/1‑62 (MQ=255) cATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCtgt > 1:2083520/1‑92 (MQ=255) cATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCtgt < 2:2083520/92‑1 (MQ=255) aTTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTa > 1:1437602/1‑150 (MQ=255) aTTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTa > 1:1184455/1‑150 (MQ=255) ttGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTAc < 1:210873/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTAc > 1:1251328/1‑150 (MQ=255) aTGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGa > 1:2236582/1‑150 (MQ=255) tGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGTAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGAt < 1:1728444/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGAt < 2:1251328/150‑1 (MQ=255) | CGGTGCGATGTGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCC‑TGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGAT > NC_002947/3274732‑3275028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |