| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,420,694 | A→T | 6.3% | intergenic (‑41/+68) | PP_3035 ← / ← PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,420,694 | 0 | A | T | 6.3% | 447.5 / 16.2 | 142 | intergenic (‑41/+68) | PP_3035/PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/62); new base T (5/4); total (76/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCCTCAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGTGA > NC_002947/3420545‑3420839 | tcctcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGcaca > 1:421092/1‑150 (MQ=255) cctcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACaa < 1:1069929/150‑1 (MQ=255) tcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGt < 1:1782347/150‑1 (MQ=255) 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gggggTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCa > 1:2133857/1‑150 (MQ=255) ggggTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAg < 1:2829947/150‑1 (MQ=255) gcacccAGGCACTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCATTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAgt < 2:1518453/113‑1 (MQ=255) gcacccAGGCACTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAgt > 1:1518453/5‑117 (MQ=255) ccAGGCCCTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGGGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTaa > 2:2440981/1‑150 (MQ=255) ccAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTaa > 1:462777/1‑150 (MQ=255) cAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAg < 2:785021/150‑1 (MQ=255) ggCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGa > 2:2974312/1‑135 (MQ=255) ggCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGa < 1:2974312/135‑1 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTaa > 1:628059/1‑92 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTaa < 2:628059/92‑1 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAAc > 2:2254515/1‑93 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGTGa < 2:2526711/150‑1 (MQ=255) aaGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGcc > 2:1286376/1‑94 (MQ=255) aaGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGcc < 1:1286376/94‑1 (MQ=255) | TCCTCAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGTGA > NC_002947/3420545‑3420839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |