Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,420,695 | A→T | 6.2% | intergenic (‑42/+67) | PP_3035 ← / ← PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,420,695 | 0 | A | T | 6.2% | 443.9 / 15.4 | 142 | intergenic (‑42/+67) | PP_3035/PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/62); new base T (5/4); total (76/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCTCAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGTGA > NC_002947/3420546‑3420839 | cctcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACaa < 1:1069929/150‑1 (MQ=255) cctcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACaa < 1:706936/150‑1 (MQ=255) tcAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGt < 1:1782347/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTc > 1:632016/1‑150 (MQ=255) gtagtaCCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCgg < 2:2083699/150‑1 (MQ=255) gtagtaCCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCgg > 1:1684621/1‑150 (MQ=255) tagtaCCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCggg < 1:1933230/150‑1 (MQ=255) gtaCCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCg > 1:1320569/1‑150 (MQ=255) 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gTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCAc < 1:1434682/98‑1 (MQ=255) gTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCtcgtcg > 2:2302159/1‑150 (MQ=255) tCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGc > 2:1325351/1‑150 (MQ=255) tCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGCGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGc > 1:1497382/1‑150 (MQ=255) cTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGa < 2:221169/126‑1 (MQ=255) cTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGa > 1:221169/1‑126 (MQ=255) 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gggggTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCa > 1:2133857/1‑150 (MQ=255) ggggTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAg < 1:2829947/150‑1 (MQ=255) gcacccAGGCACTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAgt > 1:1518453/5‑117 (MQ=255) acccAGGCACTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGa < 2:1983089/99‑1 (MQ=255) ccAGGCCCTTGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGGGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTaa > 2:2440981/1‑150 (MQ=255) cAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAg > 1:785021/1‑150 (MQ=255) cAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAg > 2:1227872/1‑150 (MQ=255) cAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAg < 2:785021/150‑1 (MQ=255) ggCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGa > 2:2974312/1‑135 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTaa < 2:628059/92‑1 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAAc < 1:2254515/93‑1 (MQ=255) gCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAAc > 2:2254515/1‑93 (MQ=255) aaGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGcc < 1:1286376/94‑1 (MQ=255) | CCTCAGAGACAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGTGA > NC_002947/3420546‑3420839 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |