Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,507,789 | T→G | 6.7% | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,507,789 | 0 | T | G | 6.7% | 299.2 / 12.6 | 104 | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/50); new base G (5/2); total (52/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTTTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGAC > NC_002947/3507643‑3507936 | tttttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCAt < 2:423275/150‑1 (MQ=255) tttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATgg < 1:2424119/150‑1 (MQ=255) ttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGc < 2:1267797/150‑1 (MQ=255) 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gccgccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCg > 2:3005309/1‑143 (MQ=255) gccgccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCgct > 1:2006122/1‑150 (MQ=255) ccgccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCgctg < 2:527643/150‑1 (MQ=255) gccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCgctgct < 2:2645263/150‑1 (MQ=255) aTTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGac > 1:2481161/1‑150 (MQ=255) | TTTTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGAC > NC_002947/3507643‑3507936 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |