| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,914,477 | G→C | 6.0% | R118R (CGC→CGG) | PP_3454 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,914,477 | 0 | G | C | 6.0% | 373.0 / 11.9 | 119 | R118R (CGC→CGG) | PP_3454 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/51); new base C (4/3); total (64/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCT > NC_002947/3914331‑3914625 | gcCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGgcgc > 1:1788727/1‑150 (MQ=255) accaccAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCagcagc < 2:649978/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAAGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGTCCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCg > 1:189787/1‑150 (MQ=255) ccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgc > 2:2733837/1‑150 (MQ=255) gcagGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCa > 1:112589/1‑150 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACCCTACCTCGGCGGAGCAGCGTGCGCACCCg > 2:2239864/1‑150 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgcg < 2:1374263/144‑1 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgcg > 1:1374263/1‑144 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGCCGcagcagt < 1:2647886/139‑2 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGCCGcagcagt > 2:2647886/1‑138 (MQ=255) gTACTCCCCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGc < 2:599663/150‑1 (MQ=255) gTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGc < 1:1079762/150‑1 (MQ=255) aCTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGc > 1:789416/1‑148 (MQ=255) aCTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGc < 2:789416/148‑1 (MQ=255) tCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCCCCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGGGCGCACGCGGGCcagc > 1:1854132/1‑150 (MQ=255) tCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcagc > 1:1261550/1‑150 (MQ=255) tGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCAcgc < 2:2519246/150‑1 (MQ=255) gACAGCTCCACCTCCTCGCCGCCCCACCGCCCCGTTCGCGCGGCCAGGTCGATACGCACGCCACCAACCAGGCTCAGGTCGTGGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCGGCGGCGCAGCAGGGTGCGGCCCCGGGCCAGCAGCCcgcgg > 2:1419095/1‑149 (MQ=255) cAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTgg < 2:1797191/150‑1 (MQ=255) aGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGCCGcagcagtgtcaa < 2:2501169/125‑7 (MQ=255) aGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGCCGCAGCAgtgtcaa > 1:2501169/1‑122 (MQ=255) cTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTc > 2:845367/1‑150 (MQ=255) cACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGc < 2:2870248/145‑1 (MQ=255) cACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGc > 1:2870248/1‑145 (MQ=255) ctcGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGAGACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGTGCCAGCAGCACGCCTGGCTCCACGGGttt > 2:646404/1‑150 (MQ=255) tcGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTg > 1:851007/1‑150 (MQ=255) cgccgcGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTgg < 2:435494/150‑1 (MQ=255) gccgcGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGt > 2:1054673/1‑150 (MQ=255) gccgcGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGt > 1:1435502/1‑150 (MQ=255) ccAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgc < 1:2543822/104‑1 (MQ=255) ccAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgc > 2:2543822/1‑104 (MQ=255) ccAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTa > 1:467906/1‑150 (MQ=255) ccAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTa < 1:308424/150‑1 (MQ=255) cAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCATTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAg > 2:1684458/1‑150 (MQ=255) aaCTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAgt > 2:682634/1‑150 (MQ=255) 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1:1300309/1‑150 (MQ=255) ttGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATg < 1:2930119/131‑1 (MQ=255) tGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCa < 2:1261550/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCgg > 1:1740744/1‑141 (MQ=255) tCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCgg < 2:1740744/141‑1 (MQ=255) cAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGc > 1:826408/1‑110 (MQ=255) cAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCAt > 1:1808987/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGTTCGTTGACACTGCTTCGACGCAGCGCCGTGCGGCCCCGAGCCAGCAGCACGCTTGTCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCCAGCACCAGCTCATGGCTATCGTCGCGGTCCTTCACCAtta < 2:189787/150‑3 (MQ=255) ggCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGa < 2:112589/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGa < 1:629937/150‑1 (MQ=255) cgGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCgg < 2:1986289/133‑1 (MQ=255) cgGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTCCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGAt < 1:2989420/150‑1 (MQ=255) ggTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCAGCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGAtt < 1:806271/150‑1 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCa > 1:280876/1‑133 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCa < 2:280876/133‑1 (MQ=255) gcacgctgctgCGCCGCAGCAGTGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCCGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAggg > 1:1726450/6‑150 (MQ=255) gACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCATGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGt > 1:1435997/1‑150 (MQ=255) cacTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCt > 2:290365/1‑150 (MQ=255) gctgctgCGCCGCAGCAGTGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTa > 1:2081781/2‑95 (MQ=255) gctgctgCGCCGCAGCAGTGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTa < 2:2081781/94‑1 (MQ=255) acTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCAc > 1:790035/1‑66 (MQ=255) acTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCAc < 2:790035/66‑1 (MQ=255) gctgcGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGa < 1:75655/150‑1 (MQ=255) tgcGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAAGGTCTGCGACt > 1:2005120/1‑150 (MQ=255) | GCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCT > NC_002947/3914331‑3914625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |