| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,839 | C→T | 22.2% | intergenic (‑86/+43) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,839 | 0 | C | T | 22.2% | 168.9 / 42.7 | 86 | intergenic (‑86/+43) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/25); new base T (8/11); total (49/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAG > NC_002947/337692‑337987 | aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGCAGCGGGTGCCTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac > 2:502287‑M2/1‑148 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCCTCCTTGCTCCCACAGGTGTAGCGCC‑AACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgt > 1:1329607‑M2/1‑144 (MQ=255) aCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgt > 2:2903761‑M2/1‑144 (MQ=255) tGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgg > 2:2516966‑M2/1‑142 (MQ=255) gggTCGAGGGCTTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGGTGTGGAGGTGGTTGGGAATGATCCGGACCT‑TGGCAGTTTTCGGGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCGGCTCCCATAGGTATAGGGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTgg < 1:699959/149‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgg > 1:2553775‑M2/1‑136 (MQ=255) gggCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcggg > 2:284506‑M2/1‑135 (MQ=255) gAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgccc > 1:801819‑M2/1‑128 (MQ=255) gCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgg < 2:1361678‑M2/139‑15 (MQ=255) gCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcga > 1:1361678‑M2/1‑125 (MQ=255) gggTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggc > 1:602763‑M2/1‑123 (MQ=255) gggTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggc < 2:602763‑M2/139‑17 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtggga > 2:2738407‑M2/1‑117 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtggga < 1:2738407‑M2/127‑11 (MQ=255) gtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCC‑AACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgtgg < 2:3032421‑M2/103‑9 (MQ=255) tGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac > 1:1873729‑M2/1‑93 (MQ=255) tGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac < 2:1873729‑M2/95‑3 (MQ=255) gCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAGGGTTGGCGCTACacctgt > 2:970214‑M2/1‑90 (MQ=255) gCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAGGGTCGTCTCTACacctgt < 1:970214‑M2/96‑7 (MQ=255) aaGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa > 1:2863946‑M2/1‑83 (MQ=255) aaGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa < 2:2863946‑M2/84‑2 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagc > 1:1652721‑M2/1‑52 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagc < 2:1652721‑M2/64‑13 (MQ=255) cccGCTGCCAAAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCACGGTTGGCGCTACACCGGTGGGAGCGGGCGTGTCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGAAGGTTTGAGCCTTGCACAAGCa > 2:1164742/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgc > 1:1633953/1‑119 (MQ=17) ccGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgc < 2:1633953/119‑1 (MQ=14) ccGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac > 2:2154837‑M2/1‑42 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac < 1:2154837‑M2/44‑3 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtca > 1:2463389/1‑76 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtca < 2:2463389/76‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa > 1:1768254/1‑150 (MQ=21) gCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa > 2:1928501/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGATACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 1:3021579/1‑150 (MQ=255) cccACAGGTATAGCGCC‑A‑TATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgacc < 1:251206‑M2/150‑114 (MQ=255) cccACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACg > 2:1611398/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 1:1001835/129‑1 (MQ=18) ccACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa > 2:1001835/1‑129 (MQ=18) ccACAGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 2:1999249/1‑150 (MQ=21) ccACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaac < 1:3032421‑M2/103‑68 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCagcagc < 1:2778965/124‑1 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCagcagc > 2:2778965/1‑124 (MQ=255) ccACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGATTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 1:2949354/1‑150 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:1417815/1‑150 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACATGTGGGAGCGGGAGTGCCATGGAAGCAGTCAGTGAGTTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 1:376481/1‑150 (MQ=255) acaGGTGTAGCGCCAA‑CCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt < 1:823247/132‑1 (MQ=21) acaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTCAgcctggttgagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagt < 1:727970‑M2/150‑117 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGTCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAGTGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:3023969/1‑150 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgc > 1:1837274/1‑111 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgc < 2:1837274/111‑1 (MQ=255) caGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagtt < 2:1417058‑M2/150‑118 (MQ=255) aGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttc < 2:240285‑M2/150‑119 (MQ=255) ggTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAACTTGAAGCCTTGCACCAGCATGGGCGAGATCa > 2:1712749/1‑150 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcct < 1:2458933‑M2/150‑121 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacacgcttcgaggcgctcgaccagttcct < 2:1474225‑M2/150‑121 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaacc > 1:955352‑M2/1‑30 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaacc < 2:955352‑M2/72‑43 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc > 2:2691941/1‑150 (MQ=255) gTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAC‑AGATcgga > 1:2334315/1‑147 (MQ=255) tataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctg < 2:2560327‑M2/150‑122 (MQ=255) tataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 1:2724442/133‑1 (MQ=255) tataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa > 2:2724442/1‑133 (MQ=255) ataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgc < 1:1951157‑M2/90‑63 (MQ=255) ataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgc > 2:1951157‑M2/1‑28 (MQ=255) ataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccaagcccaaccacctccacagcccccac < 2:1936501‑M2/113‑86 (MQ=255) ataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccaagcccaaccacctccacagcccccac > 1:1936501‑M2/1‑28 (MQ=255) ataGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa > 1:241963/1‑150 (MQ=255) aGCGCC‑A‑TATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctgatc > 2:251206‑M2/1‑26 (MQ=255) aGCGCC‑A‑CACTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctgatc > 2:1329607‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgc > 1:1402070‑M2/1‑25 (MQ=255) gcgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgc < 2:1402070‑M2/87‑63 (MQ=255) gcgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccac > 2:1451900‑M2/1‑25 (MQ=255) gcgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccac < 1:1451900‑M2/69‑45 (MQ=255) gcgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt < 1:1928501/150‑1 (MQ=255) cgcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTa > 2:1402022/1‑150 (MQ=255) gcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGAt > 1:3041479/1‑140 (MQ=255) gcC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGAt < 2:3041479/140‑1 (MQ=255) cc‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGa > 1:2453290/1‑150 (MQ=255) cc‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGa > 1:1411238/1‑150 (MQ=255) c‑a‑caTTCAAGGTTGGCGCTATaccagtgggagcgggcgtgccagcgaagaggccctcaaaaccactacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctgatcgagca < 2:991817‑M2/150‑130 (MQ=255) a‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAac > 1:510794/1‑150 (MQ=255) cgcTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 2:1373694/150‑1 (MQ=255) cgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 1:1402022/150‑1 (MQ=255) cTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccag > 1:1447695‑M2/1‑4 (MQ=255) cTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccag < 2:1447695‑M2/107‑104 (MQ=255) tACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaagaa > 1:3033239/1‑150 (MQ=255) tACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaagaa < 2:3033239/150‑1 (MQ=255) acacCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGaagaag > 1:2036675/1‑150 (MQ=255) | AGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTT‑GAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑A‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAG > NC_002947/337692‑337987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |