New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419584 | 30 (0.500) | 11 (0.240) | 9/204 | 3.9 | 32.9% | intergenic (‑67/+70) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419614 | 22 (0.480) | intergenic (‑97/+40) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
TCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGC > NC_002947/1419475‑1419762 | tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg < 1:1258734/150‑1 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc < 2:479307/149‑1 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc > 1:479307/1‑149 (MQ=255) tgtcGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 2:872242/147‑1 (MQ=255) tGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 2:831274/150‑1 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 2:673119/150‑1 (MQ=255) cTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGCGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGCGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:837526/150‑1 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 2:372553/1‑102 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 1:372553/102‑1 (MQ=255) gCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GAACGCATCTGCAACTGCATCAACGCCg > 1:172080/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAgg > 1:443926/1‑95 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAgg < 2:443926/95‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt < 2:719780/115‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt > 1:719780/1‑115 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCg > 1:844070/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcc > 1:514136/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcccc > 1:1166870/1‑150 (MQ=255) gTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 1:552694/87‑1 (MQ=255) gTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg > 2:552694/1‑87 (MQ=255) gTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTa > 1:257469/1‑150 (MQ=255) tACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt < 2:1129703/93‑1 (MQ=255) tACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt > 1:1129703/1‑93 (MQ=255) tgCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCACCACACGAACCGCtt > 2:635661/1‑150 (MQ=39) aGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCa > 2:383596/1‑150 (MQ=255) tGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa > 2:1422697/1‑42 (MQ=255) tGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 1:1422697/42‑1 (MQ=255) ggCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGAt > 2:1254568/1‑150 (MQ=255) ggCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGACCGAGCTTACATGCTCAG‑AAGGTAATGAACTCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTCCATGGAt > 1:172752/1‑150 (MQ=19) tgACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATg > 1:814037/1‑139 (MQ=255) tgACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATg < 2:814037/139‑1 (MQ=255) tgACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCt > 2:1442071/1‑150 (MQ=255) gACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTCCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTg > 2:371214/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGc > 2:7321/1‑150 (MQ=255) | TCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGC‑GACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGC > NC_002947/1419475‑1419762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |