| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,850,958 | T→A | M1K (ATG→AAG) † | relA → | ATP:GTP 3'‑pyrophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,850,958 | 0 | T | A | 98.3% | 178.7 / NA | 58 | M1K (ATG→AAG) † | relA | ATP:GTP 3'‑pyrophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (24/33); minor base G (1/0); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGATGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTAGAG > NC_002947/1850822‑1851100 | gcgcATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTgaga < 2:1197669/150‑1 (MQ=255) cATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTg < 1:584557/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCa > 2:1109794/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCAc < 2:1319775/150‑1 (MQ=255) ggCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCAAGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCAAGCACACGCGTA‑TGGTGTGCGGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCaa < 2:166537/150‑1 (MQ=255) ttATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGAGGTTGCCCCGGAAGGGGGGACCGGCGGTGATCCCTTGCGCGCTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACt > 1:1277521/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAAGTAAAACAAAGAAGGTACAGCGGTCAGGGCACCAGCCGGTCAACACTGAc < 1:1139300/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCa < 2:1237908/150‑1 (MQ=255) cGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTa < 1:493357/150‑1 (MQ=255) ggCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATc > 1:242930/1‑150 (MQ=255) cTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGAGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCaa < 1:1042692/150‑1 (MQ=255) cTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAAtctc < 1:1444257/150‑1 (MQ=255) aCTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCGCTGTAGGGCGCCTGCTCTTTTATCGCCAGCACACTCGTACTGGAGTTCAG‑ACGTAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGaa < 1:622621/150‑1 (MQ=255) aCTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGaa < 1:114430/150‑1 (MQ=255) 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ccACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCg < 2:1165506/99‑1 (MQ=255) cACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACCCTCGTA‑TCGAGGGTCACAAGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTaa > 1:28852/1‑150 (MQ=255) gcggcCGCACGGTGATCGCCAGCACACGGGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTTGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGAtt < 1:374112/150‑1 (MQ=255) ggcCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCg < 1:1109794/150‑1 (MQ=255) aCGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGAAAAGGAAAAACAAACAAGTTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTAAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTg < 2:535066/150‑1 (MQ=255) tGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATc < 2:242930/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCa > 2:598896/1‑150 (MQ=255) ccAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAg > 1:86192/1‑150 (MQ=255) ccAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAg > 1:86847/1‑150 (MQ=255) cAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAgc > 2:888455/1‑150 (MQ=255) acTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAGGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGaa > 2:855142/1‑150 (MQ=255) acTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATgg > 2:1391327/1‑100 (MQ=255) acTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATgg < 1:1391327/100‑1 (MQ=255) acTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGaa > 2:841468/1‑150 (MQ=255) gTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAaagaa < 1:738624/150‑1 (MQ=255) gTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAaagaa < 2:86847/150‑1 (MQ=255) gTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAaagaa < 2:86192/150‑1 (MQ=255) tGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTa > 2:281992/1‑108 (MQ=255) tGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTa < 1:281992/108‑1 (MQ=255) tGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTc > 2:1024251/1‑119 (MQ=255) tGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTc < 1:1024251/119‑1 (MQ=255) ggTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCt < 2:1277521/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTCCAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGc > 1:1379030/1‑150 (MQ=255) ttgcATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTATAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGt < 2:541074/149‑1 (MQ=255) gtgcATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAaagaa < 1:1346515/139‑1 (MQ=255) ctgcATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAaagaa > 2:1346515/1‑140 (MQ=255) tgcATGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTGAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGtt > 1:323041/1‑150 (MQ=255) tGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCgg < 1:373673/109‑1 (MQ=255) tGGAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCgg > 2:373673/1‑109 (MQ=255) ggAAAGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGctc < 1:841468/150‑1 (MQ=255) aaaGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTc < 1:1131055/104‑1 (MQ=255) aaaGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTc > 2:1131055/1‑104 (MQ=255) aaaGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCtt < 1:888455/150‑1 (MQ=255) aGGTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGa < 1:598896/150‑1 (MQ=255) gTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCt > 1:1248099/1‑121 (MQ=255) gTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCt < 2:1248099/121‑1 (MQ=255) gTAAAACAAAGAAGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAgg > 1:1086670/1‑150 (MQ=255) aCAAAGAAGGAACAGGTGAGAGTGCAAAAACCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTagag > 2:56417/1‑150 (MQ=255) | GCGCATGTCGAGGCCATGGCGTTATTCGAAGCGGGCTAGCTGACTGGCCCCTTGGTGCGGTTGCCACGGAAGGGCGGCCGCACGGTGATCGCCAGCACACTCGTA‑TGGTGTGCTGCATGGAAAGGTAAAACAAAGATGGTACAGGTGAGAGTGCACCAGCCGGTCAACACTGACGGCAGTATCAATCTCGAAGCATGGTTGGACCATGTGGTAAGCGTCGATTCGGCACTGGATCGCGCAGCGCTGAAAGAAGCCTGCGAGTTTGCTCTTGAGGTAGAG > NC_002947/1850822‑1851100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |