| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,227,331:1 | +T | 10.3% | coding (1776/2391 nt) | PP_4606 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,227,331 | 1 | . | T | 10.3% | 209.9 / 19.7 | 58 | coding (1776/2391 nt) | PP_4606 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (29/23); new base T (4/2); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
GTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTC > NC_002947/5227191‑5227477 | gTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCg > 2:271833/1‑150 (MQ=255) gtgACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACa < 2:828168/150‑1 (MQ=255) gtgACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACa < 1:1596319/150‑1 (MQ=255) aCGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTg < 2:336718/150‑1 (MQ=255) aaaGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAg > 1:1002357/1‑150 (MQ=255) gTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAgcgg > 2:1609989/1‑150 (MQ=255) ttCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAgcggc > 1:118638/1‑150 (MQ=255) agaCCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGACAGC‑GAGGAGTCATGCACGTCAGTGCCGGTCAGCGGcgcgc > 2:14595/1‑149 (MQ=255) cTTGGTGATATCGAACCATGCTAGCGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCtt < 2:427251/150‑1 (MQ=255) ttGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTg > 2:565743/1‑150 (MQ=255) ggTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGaa < 2:1153124/150‑1 (MQ=255) gTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAAc < 1:271833/150‑1 (MQ=255) gaaatCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTC‑GGTGGCACCTgagga > 1:1645854/4‑96 (MQ=255) gATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTC‑GGTGGCACCTgagga < 2:1645854/96‑1 (MQ=255) gAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCt > 1:1613589/1‑150 (MQ=255) aaCAATTCCAGGTTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCGTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTACCCTCCGCAGGTGCCACC‑GAAGAGGCGAGCAAGACATGGCAGGACAGCGGCGCCGTGGGCGAGTTG‑GGCTTTAACGACTCGCTg > 2:153454/1‑150 (MQ=255) aaCAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTg > 1:104521/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGcc > 2:1155168/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGAACTCGAGCACGAGATTTCCGGTCAGCGGCGCGATGGTAGAGTTG‑GGTTTGAACGACTCGCTGTAGCTGcc > 1:1263277/1‑150 (MQ=255) tGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGa < 2:193728/150‑1 (MQ=255) cTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCCACCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACg < 1:14595/150‑1 (MQ=255) tgtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCTCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTC‑GGTGGCACCTgaggag < 2:795884/73‑1 (MQ=37) tgtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCTCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTC‑GGTGGCACCTgaggag > 1:795884/1‑73 (MQ=37) tgtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGgcgc < 2:893485/102‑1 (MQ=255) tgtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGgcgc > 1:893485/1‑102 (MQ=255) gtgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACgag > 1:1314254/1‑150 (MQ=255) tgATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACgaga > 2:850319/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGc < 2:104521/150‑1 (MQ=255) tGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCt < 1:565743/150‑1 (MQ=255) gCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTg < 2:392859/150‑1 (MQ=255) cATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCAACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCCACGGCGTGTTGGTACAGGTGCGGGTTG‑TCGACGCTCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGAc < 1:850319/150‑1 (MQ=255) aTGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACt > 1:695691/1‑150 (MQ=255) tGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAAAAAATCGTTGTATCGGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACtt > 2:793438/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACttt < 1:1155168/150‑1 (MQ=255) cGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGt < 2:1002357/150‑1 (MQ=255) aGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACGTTGTaa > 1:235945/1‑150 (MQ=255) ccACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCAACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAgg > 1:1212020/1‑150 (MQ=255) cACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GGGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGt > 2:1596180/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTa < 2:1314254/150‑1 (MQ=255) ttGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAg > 2:1532087/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGGTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGGGAGGGACCCAg > 2:1474268/1‑150 (MQ=255) tcgactcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAgg > 1:488139/5‑150 (MQ=255) gCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTg > 2:1336547/1‑85 (MQ=255) gCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTg < 1:1336547/85‑1 (MQ=255) gCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGc > 2:1203607/1‑150 (MQ=255) gactcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGAAATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGcc > 1:251216/3‑150 (MQ=255) cccTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAgg < 2:1291715/148‑1 (MQ=255) cccTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAgg > 1:1291715/1‑148 (MQ=255) cctcctCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTg < 1:570748/119‑1 (MQ=255) cctcctCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTg > 2:570748/1‑119 (MQ=255) ctcctcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGa < 2:887923/53‑1 (MQ=255) ctcctcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGa > 1:887923/1‑53 (MQ=255) tcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGAt > 1:653704/1‑122 (MQ=255) tcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGAt < 2:653704/122‑1 (MQ=255) cAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTAAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCAc < 1:202045/150‑1 (MQ=255) cACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTc > 2:118527/1‑150 (MQ=255) aCC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGc > 2:1149701/1‑90 (MQ=255) aCC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGc < 1:1149701/90‑1 (MQ=255) cc‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGAc > 1:920660/1‑62 (MQ=255) cc‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGAc < 2:920660/62‑1 (MQ=255) | GTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTG‑GGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGATGTC > NC_002947/5227191‑5227477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |