| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 734,562 | C→T | 5.5% | G253D (GGC→GAC) | ndh ← | NADH dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 734,562 | 0 | C | T | 5.5% | 217.1 / 2.8 | 75 | G253D (GGC→GAC) | ndh | NADH dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/33); new base T (2/2); total (39/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
GGTGGTTTGCAGGGTAGGGCGCACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAGGGTGATGTGCATGTCCTT > NC_002947/734414‑734710 | ggtggtTTGCAGGGTAGGGCGCACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGcc > 2:1432128/1‑150 (MQ=255)ggtggtTTGCAGGGTAGGGCGCACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGcc < 2:666158/150‑1 (MQ=255) ggCGCACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCATGCTGACCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGCACGTCCTCGGtcacttcac > 2:1188815/1‑150 (MQ=255) gcgcACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGtcacttcact < 1:1397020/150‑1 (MQ=255) gcgcACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGtcacttcact < 1:1290929/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTTGATGCTGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCCTGCGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGACTGCCCACACCTTCCGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGGACTTGGTTTTCAGGCCGTCCCCGGTCACTTCACTGACTgcggc > 1:541406/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTgcggcg > 2:1615690/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGt > 2:250762/1‑150 (MQ=255) tGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGGCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTg < 1:659486/150‑1 (MQ=255) ttGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtc < 1:1615690/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCCGGGGCTGCGGCGTTGGtcatc > 1:498433/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtcatca > 2:933256/1‑150 (MQ=255) ttggttTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTc > 2:931689/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCAccc > 1:685739/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACATTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACAGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtc > 2:1438787/1‑135 (MQ=255) tCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACATTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACAGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtc < 1:1438787/135‑1 (MQ=255) ccAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGa < 1:250762/150‑1 (MQ=255) ggCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCg < 1:1231451/104‑1 (MQ=255) ggCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCg > 2:1231451/1‑104 (MQ=255) aTCGATGTCCTTGAGGGATCCTATCCCCCCTATTCCTGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATAACTTCACCGTCCTTCGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTTGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTc < 1:767833/150‑1 (MQ=255) aTCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTc < 1:931689/150‑1 (MQ=255) cgaaTGTCTTTTAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTcc > 2:1228501/4‑150 (MQ=255) tCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtc < 1:680101/120‑1 (MQ=255) tCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGtc > 2:680101/1‑120 (MQ=255) aGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTc > 2:1201207/1‑86 (MQ=255) aGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTc < 1:1201207/86‑1 (MQ=255) gAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAg > 2:1387028/1‑138 (MQ=255) gAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAg < 1:1387028/138‑1 (MQ=255) aaCCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCg < 2:537557/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTAc > 2:1284791/1‑150 (MQ=255) gcgcgGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTg < 2:63501/99‑1 (MQ=255) gcgcgGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTg > 1:63501/1‑99 (MQ=255) gcgcgGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGttttt > 1:94147/1‑124 (MQ=255) gcgcgGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGttttt < 2:94147/124‑1 (MQ=255) gcgGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGAt < 1:1228501/150‑1 (MQ=255) cTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTTACTTCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCa < 1:1432128/150‑1 (MQ=255) tGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGTCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTcc < 2:1081412/145‑1 (MQ=255) tGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGTCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTcc > 1:1081411/1‑145 (MQ=255) tGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGTCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTcc < 2:1081411/145‑1 (MQ=255) tGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGTCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTcc > 1:1081412/1‑145 (MQ=255) ccACCCCGTCATGCTGGCCTGGACCACTTCACCGTCCGTGGTTTACAAGCCGTCTTCTGACGCTTCACTGACTTCGCCGTTCGCCATCACCTTCACCCCGAGGCTTCCCGTGGGTTAATAAACCGGTACGCGGAGGCGATCCCGCAgctc > 2:2594/1‑148 (MQ=255) cacaCCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCg < 1:451205/124‑1 (MQ=255) cacaCCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCg > 2:451205/1‑124 (MQ=255) acacCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTg > 1:259398/1‑150 (MQ=255) acacCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCCTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTg > 2:594437/1‑150 (MQ=255) cacCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTgg < 1:1375342/150‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTa < 2:181658/122‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTa > 1:181658/1‑122 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTc < 2:1219627/135‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTc > 1:1219627/1‑135 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAg < 1:1066655/101‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAg > 2:1066655/1‑101 (MQ=255) gCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTtg < 2:1405397/106‑1 (MQ=255) gCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTtg > 1:1405397/1‑106 (MQ=255) gCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAAcgcg > 1:411242/1‑150 (MQ=255) 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ccGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAgg < 1:1284791/150‑1 (MQ=255) ccGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGAAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAgg > 1:1302172/1‑150 (MQ=255) ccGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGAAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAgg < 2:1302172/150‑1 (MQ=255) cGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAggg > 2:263465/1‑150 (MQ=255) ggTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCg > 1:248586/1‑86 (MQ=255) ggTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCg < 2:248586/86‑1 (MQ=255) ggCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAGGGTGATGTGCATGTCCt > 2:152705/1‑150 (MQ=255) gCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAGGGTGATGTGCATGTCCtt < 2:498433/150‑1 (MQ=255) gCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCAGCACCTTCGCCCCGAGAGTTTCCAGGGTTTTGTTAATCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAACACGCGCCGGCCCGCCTCGGTAAAGGTGACGTGCATGTCCtt > 2:119384/1‑150 (MQ=255) | GGTGGTTTGCAGGGTAGGGCGCACGACCAGCTGGTTGATGCGGTTGGTTTCCAGGCCATCGATGTCCTTGAGGAAACCTGGCGCGCGGATACCGGCTGCCCACACCTTCAGGCTGGCCTGGATCACTTCACCGTCCTTGGTTTTCAGGCCGTCCTCGGTCACTTCACTGACTGCGGCGTTGGTCATCACCTTCACCCCGAGTTTTTCCAGGGTTTTGTGAACCGGTACGCTGATGCGCTCCGGCAGCGCTGGCAGAACGCGCGGGCCCGCCTCGATAAGGGTGATGTGCATGTCCTT > NC_002947/734414‑734710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |