| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,026,511 | C→G | 6.0% | D154H (GAC→CAC) | dppA‑II ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,026,511 | 0 | C | G | 6.0% | 214.1 / 5.0 | 67 | D154H (GAC→CAC) | dppA‑II | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/28); new base G (2/2); total (37/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
GCTGCTGATTGATGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTGC > NC_002947/1026367‑1026654 | gctgctGATTGATGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGtct > 1:1084468/1‑150 (MQ=255)gctgctGATTGATGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGtct > 2:1606456/1‑150 (MQ=255) ctgctgATTGATGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGtctt > 1:944412/1‑150 (MQ=255) attgatGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGac > 2:171516/1‑150 (MQ=255) ttgatGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGCGAGGATGGAGGCGAAGCTCTTGGCCAGGGTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGaca > 1:198831/1‑150 (MQ=255) ttgatGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGaca < 1:795209/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGc > 1:1385404/1‑150 (MQ=255) tCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTc > 1:159937/1‑150 (MQ=255) 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cAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAg > 2:1644769/1‑144 (MQ=255) gTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACTGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGc < 1:841226/150‑1 (MQ=255) gTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGc > 2:280568/1‑150 (MQ=255) gctgctCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGt < 1:171516/150‑1 (MQ=255) ctCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGaa > 1:1232157/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTGGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAg < 1:1416295/124‑1 (MQ=255) gAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTGGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAg > 2:1416312/1‑124 (MQ=255) gAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTGGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAg > 2:1416295/1‑124 (MQ=255) tCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACCCGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCACATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAAcc > 1:665978/1‑150 (MQ=255) aTGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGa < 2:478068/150‑1 (MQ=255) ccAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACGCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGAc > 1:1056416/1‑150 (MQ=255) tC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGt < 2:1385404/150‑1 (MQ=255) gATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTtctc < 2:392835/60‑1 (MQ=255) gATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTtctc > 1:392835/1‑60 (MQ=255) gATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAg > 2:1369424/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGtt > 2:319399/1‑91 (MQ=255) aCGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGtt < 1:319399/91‑1 (MQ=255) cATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGa < 2:1232157/150‑1 (MQ=255) aTCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAgg < 2:988796/92‑1 (MQ=255) aTCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAgg > 1:988796/1‑92 (MQ=255) gACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGt < 1:1369424/150‑1 (MQ=255) ggTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGAt < 1:1315285/119‑1 (MQ=255) ggTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGAt > 2:1315285/1‑119 (MQ=255) ggTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGaa > 1:942890/1‑150 (MQ=255) tgtTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAAc > 1:588688/1‑149 (MQ=255) tgtTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAAc < 2:588688/149‑1 (MQ=255) ttCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGTGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGc > 2:388544/1‑150 (MQ=255) gTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACAtcg > 2:923573/1‑150 (MQ=255) aaCACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACAtcgtcg < 2:1056416/150‑1 (MQ=255) caccacGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACGGCACATCGTCGGc > 1:1442740/1‑150 (MQ=255) cacGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCggtagg > 2:1476943/1‑81 (MQ=255) cacGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCggtagg < 1:1476943/81‑1 (MQ=255) cacGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGtt > 2:47732/1‑150 (MQ=255) acGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGAt > 1:1004235/1‑35 (MQ=255) acGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGAt < 2:1004235/35‑1 (MQ=255) aaTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTg > 1:503440/1‑150 (MQ=255) aaTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTg > 1:643756/1‑150 (MQ=255) aTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGAc < 1:375829/84‑1 (MQ=255) aTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGAc > 2:375829/1‑84 (MQ=255) aTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTGc > 1:1576780/1‑150 (MQ=255) aTGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTGc < 2:944412/150‑1 (MQ=255) tGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAg < 2:710677/118‑1 (MQ=255) tGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAg > 1:710677/1‑118 (MQ=255) | GCTGCTGATTGATGTCGCTGGGGCGTCCACTGGCCAGTAGCTGCTCGGCGTATTCAGCGGAGAGGATGGAGGCGAAGCTCATGGCCAGGTTC‑TGGATGAACGCGGCATCGACGGTGTTCAGGGTGAACACCACGGTCAATGGGTCGGTCTTCTCGACACGGGCGATGTTCTTGTCCAGGCCCATGCCGTTGAAATAGGGAAACTCGGTAGGGTAGGCCTGACGGAACCGATGACCCTTGTCGAGCATGCGGTTGAAGGTGAACAGCACATCGTCGGCGTTGAACGTGC > NC_002947/1026367‑1026654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |