| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,035,205 | G→T | 5.2% | V13V (GTG→GTT) | PP_0893 → | ThiJ/PfpI family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,035,205 | 0 | G | T | 5.2% | 301.6 / 3.3 | 92 | V13V (GTG→GTT) | PP_0893 | ThiJ/PfpI family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/43); new base T (2/3); total (46/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
TGAAGCAACGGATCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGAGCAGACCTACA > NC_002947/1035060‑1035353 | tGAAGCAACGGATCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCg > 1:1148877/1‑150 (MQ=255) aaGCAACGGATCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGAc < 2:467377/150‑1 (MQ=255) aCGGATCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGt > 2:569811/1‑150 (MQ=255) tCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAg < 2:1595331/150‑1 (MQ=255) ggggCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGAtt < 1:569811/150‑1 (MQ=255) gggCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGCAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTATGTCTAAGATTa < 2:919408/150‑1 (MQ=255) ggctggctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTAc < 2:321586/150‑1 (MQ=255) gctggctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACg > 1:746462/1‑150 (MQ=255) 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tggtggTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGc < 1:145636/116‑1 (MQ=255) tggtggTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGc > 2:145636/1‑116 (MQ=255) aaCTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGcc > 2:1313150/1‑150 (MQ=255) aCTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCt < 2:136193/150‑1 (MQ=255) cTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGcatc > 2:780444/1‑147 (MQ=255) cTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCtt > 2:250592/1‑150 (MQ=255) 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tATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGACGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAg > 2:189326/1‑150 (MQ=255) ttCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCg < 2:265896/133‑1 (MQ=255) ttCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCg > 1:265896/1‑133 (MQ=255) tCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTg > 1:498177/1‑150 (MQ=255) acaGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTTGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGc > 1:330412/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTTCTCATGCTGGTTGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAg < 2:330412/150‑1 (MQ=255) aaTTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCTGTTCCAGGCCtt < 2:25284/63‑1 (MQ=255) aaTTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCTGTTCCAGGCCtt > 1:25284/1‑63 (MQ=255) aaTTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAggg > 1:712632/1‑150 (MQ=255) aTTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAgggg < 2:1262993/150‑1 (MQ=255) tctcATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGa > 2:1228523/1‑131 (MQ=255) tctcATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGa < 1:1228523/131‑1 (MQ=255) tctcATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGa < 1:40240/150‑1 (MQ=255) tctcATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGa < 2:712632/150‑1 (MQ=255) tctcATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTAAGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGa > 1:1621493/1‑150 (MQ=255) cATGCTGGTTGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGGCATTCGggggggtgg < 2:406307/150‑4 (MQ=255) tggGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGAGCAGACCTACa < 2:1264105/150‑1 (MQ=255) | TGAAGCAACGGATCTGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTCCAGGCCTTGAGCATGGTGGGCCACACGGTGCATGCGGTGTGCCCGGAAAAGCTGGCGGGGCAGACCGTGCGTACCGCGATTCATGAC‑TTCGAGGGGGAGCAGACCTACA > NC_002947/1035060‑1035353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |