| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,151,964 | A→T | 7.0% | N228I (AAC→ATC) | edd → | phosphogluconate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,151,964 | 0 | A | T | 7.0% | 271.9 / 9.3 | 86 | N228I (AAC→ATC) | edd | phosphogluconate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/38); new base T (3/3); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
ATGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCG > NC_002947/1151822‑1152112 | aTGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCTTCTAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACaccaac < 1:848704/150‑1 (MQ=255)aTGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACaccaac > 1:78077/1‑150 (MQ=255) tGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAATCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACaccaacc > 2:629990/1‑150 (MQ=255) tttCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGt > 1:748219/1‑150 (MQ=255) tttCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGt < 1:37462/150‑1 (MQ=255) tCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCTGCAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGATGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTg < 1:1343647/150‑1 (MQ=255) cGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACtggttggt > 2:50283/1‑150 (MQ=255) gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa < 2:253862/150‑1 (MQ=255) gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa > 1:253862/1‑150 (MQ=255) aTCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATg < 2:99028/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg < 1:50283/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACAGCCAACACCAACCAGTTGGTGATgg > 1:187684/1‑150 (MQ=255) ccAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg > 2:145580/1‑150 (MQ=255) caacaaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg < 2:1491530/146‑1 (MQ=255) caacaaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTgg > 1:1491530/1‑146 (MQ=255) aaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGTCGCCAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATg < 1:100412/150‑1 (MQ=255) aaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATg < 2:78077/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATggg < 1:145580/150‑1 (MQ=255) gAAGGCCGCTGTCCGCCAGCGCTATGCTGAAGGCAAGGCCAGGCGCGAAGAGCTGTTGGAGTACGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCt > 2:811033/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTg < 1:1457744/150‑1 (MQ=255) aGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGc < 2:1573401/150‑1 (MQ=255) aGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGc > 2:247254/1‑150 (MQ=255) gATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa < 1:1454235/127‑1 (MQ=255) gATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa > 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aGCGCTATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCt > 1:1490764/1‑150 (MQ=255) tATGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCtcgttc < 1:247254/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCtcgttcgt > 2:522419/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCAAGGCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCaa > 1:1629858/1‑150 (MQ=255) gAAGGCAAGGCCAGCCGAGAAGGGCGGTTGGAGTGCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAAc < 1:360409/150‑1 (MQ=255) aaggcaaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAAcc < 2:193186/150‑1 (MQ=255) ggcaaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATggg > 1:586962/1‑116 (MQ=255) ggcaaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATggg < 2:586962/116‑1 (MQ=255) aaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTggcg < 1:1148276/105‑3 (MQ=255) aaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCATCACCAACTGGTTGGTGTTggcg > 2:1148276/1‑103 (MQ=255) aaggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTac > 1:171071/1‑150 (MQ=255) ggcCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCaa < 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ccGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg > 2:57233/1‑98 (MQ=255) ccGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg < 1:57233/98‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAaca < 2:958768/76‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAaca > 1:958768/1‑76 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGAt < 1:1237995/92‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGAt > 2:1237995/1‑92 (MQ=255) gAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACAGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCCCCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCga < 2:187684/150‑2 (MQ=255) 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gagaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAg > 2:1352458/1‑150 (MQ=255) gagaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTAAACGCCGCTTCGTGACGCACTCAccgccg < 2:558408/148‑1 (MQ=255) agaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa > 2:1516255/1‑74 (MQ=255) agaTGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 1:1516255/74‑1 (MQ=255) aTTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTgcgc < 2:748219/150‑1 (MQ=255) tACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGcagcag > 1:1257724/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |