Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,307,446 | C→G | 11.6% | G60R (GGC→CGC) | livK ← | branched‑chain amino acids ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,307,446 | 0 | C | G | 11.6% | 148.0 / 12.1 | 52 | G60R (GGC→CGC) | livK | branched‑chain amino acids ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/28); new base G (3/3); total (21/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
CTGGCTGGGTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAATGGCTGGCTACCCCGGCCAGT > NC_002947/1307302‑1307588 | ctggctggGTGGAGCTGGAGCACAGGCGGCGGCCTACGGACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCgcgg < 1:364295/150‑1 (MQ=255) gctggGTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGt > 2:903642/1‑150 (MQ=255) gctggGTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGt < 2:156496/150‑1 (MQ=255) ctggGTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGtt < 2:788437/150‑1 (MQ=255) ggTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGat < 2:1306820/150‑1 (MQ=255) gagctggagcACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATcc < 1:1412729/150‑1 (MQ=255) gctggagcACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCtt < 1:655929/150‑1 (MQ=255) gTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGgcttgctt < 1:791899/150‑1 (MQ=255) gCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGgc < 2:852928/150‑1 (MQ=255) gACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGgc < 1:1099219/147‑1 (MQ=255) gACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGgc > 2:1099219/1‑147 (MQ=255) gACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGcc > 2:86971/1‑150 (MQ=255) cACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCGGGCGGCGTGGat > 2:53606/1‑123 (MQ=255) cACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCGGGCGGCGTGGat < 1:53606/123‑1 (MQ=255) gAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGaa < 1:187940/150‑1 (MQ=255) aaCTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAAc < 1:135243/150‑1 (MQ=255) gACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCGGGCGGCGTGGatgg > 1:73461/1‑114 (MQ=255) gACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCGGGCGGCGTGGatgg < 2:73461/116‑3 (MQ=255) gCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTc > 2:592741/1‑150 (MQ=255) tGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACt < 1:592741/150‑1 (MQ=255) gACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGtt < 1:80939/99‑1 (MQ=255) gACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGtt > 2:80939/1‑99 (MQ=255) gACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTg < 1:1060139/150‑1 (MQ=255) gACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTg > 2:1092801/1‑150 (MQ=255) aCTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCAACGCCGCGGGCGGCGtgga > 1:214203/1‑94 (MQ=255) aCTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCAACGCCGCGGGCGGCGTGGa < 2:214203/97‑1 (MQ=255) tgttgGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACgg < 2:825885/150‑1 (MQ=255) ccTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCgg > 2:1299600/1‑150 (MQ=255) gTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGa < 1:1221098/150‑1 (MQ=255) tttAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGAt < 1:816502/150‑1 (MQ=255) tttAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGAt > 2:253138/1‑150 (MQ=255) tttAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGAt > 2:1543381/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGCGTCTTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATc > 2:2974/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCt < 1:86971/150‑1 (MQ=255) atgCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGCCGCCGTAGTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGa < 2:1192305/148‑1 (MQ=255) ggCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGACGATCGGCGGTTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGAt < 2:222055/150‑1 (MQ=255) gCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATg < 1:253138/150‑1 (MQ=255) tcgtATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATcg > 2:610143/1‑150 (MQ=255) gtATTCCTTGGCTTAGGGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATcggc > 2:1302655/1‑150 (MQ=255) gtATTACTTGGCTTCGAGCATATTGCGATCCACGGCTTCTGCGTCGTTGATAGCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCAGTACTGGGTCACTGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATcggc > 2:1177454/1‑150 (MQ=255) aTTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATcggcg > 2:1156347/1‑149 (MQ=255) aTTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATcggcg < 1:1156347/149‑1 (MQ=255) ttCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCggcggc > 2:1643239/1‑150 (MQ=255) gCTTCGAGCATCTTGCCACCGAGTCCGCCCCGGGCGTTGATATCCTTGATGGATTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCTTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGaa < 1:903642/150‑1 (MQ=255) cTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACg > 1:1273669/1‑95 (MQ=255) cTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACg < 2:1273669/95‑1 (MQ=255) gAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAAtggct > 2:1540671/1‑150 (MQ=255) aGCATCGTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAAtggctg < 2:1398074/150‑1 (MQ=255) gCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAAtggctgg < 1:1299600/150‑1 (MQ=255) aTCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAATGGCTGGCTACCCCGGc < 1:2974/150‑1 (MQ=255) tCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAATGGCTGGCTACCCCGGcc < 2:599952/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAATGGCTGGCTACCCCGGCCAGt > 1:384480/1‑150 (MQ=255) ccgcccgcGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAAtggctg > 2:1166313/1‑132 (MQ=255) ccgcccgcGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAAtggctg < 1:1166313/132‑1 (MQ=255) | CTGGCTGGGTGGAGCTGGAGCACAGGTGGCCGACCACGAACTTGACGCCGTCGTTGACCACTTTGTTGGCGACTGCCACGGCCTGTTTAGGGTCGCAGGCGTCGTCGTATTCCTTGGCTTCGAGCATCTTGCCATCCACGCCGCCCGCGGCGTTGATATCCTTGATGGCTTGCTTGGCGCCGATGAACTGCATGTCGCCGTACTGGGTCACGGGACCCGTCTTGGGACCGGCGATGCCGATCTTGATGGTATCGGCGGCAAACGAATGGCTGGCTACCCCGGCCAGT > NC_002947/1307302‑1307588 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |