| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,242,141 | G→C | 7.9% | noncoding (35/76 nt) | PP_t29 → | tRNA‑Ala |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,242,141 | 0 | G | C | 7.9% | 147.2 / 4.4 | 51 | noncoding (35/76 nt) | PP_t29 | tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/25); new base C (2/2); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
ACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAG > NC_002947/2241994‑2242283 | acacCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTgcatggca < 1:1397547/150‑1 (MQ=255) cGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCa > 1:1108394/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCCAGACCCCTAGGGGACGCCAATTTTCCTGCGTTTGGCAAAGCGTGAAAAGACCCCTCGGGTATCGATGAGACTTTTGTTTAGTGTCTATAGCTCAGCTGGGAGCCCGCCTGCATGGCATGCaa > 2:980122/1‑149 (MQ=19) ccTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCagga < 2:484103/150‑1 (MQ=255) cACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCa < 1:219527/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAg > 1:201386/1‑150 (MQ=255) gTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTc < 2:1108394/150‑1 (MQ=255) aCAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAt > 1:882674/1‑150 (MQ=255) cAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc > 2:797164/1‑150 (MQ=255) gggTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGtt < 1:1137561/142‑1 (MQ=255) gggTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGtt > 2:1137561/1‑142 (MQ=255) gAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGCCATGCaggcg > 2:1321385/1‑124 (MQ=255) gAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGCCATGCaggcg < 1:1321385/126‑3 (MQ=255) ccTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTc < 1:160410/131‑1 (MQ=255) ccTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTc > 2:160410/1‑131 (MQ=255) ccTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTccacc > 1:1417153/1‑150 (MQ=255) ggggACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGt < 2:66112/118‑1 (MQ=255) ggggACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGt > 1:66112/1‑118 (MQ=255) ggggACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc > 1:1367664/1‑131 (MQ=255) ggggACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc < 2:1367664/131‑1 (MQ=255) cACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAgg < 2:763495/150‑1 (MQ=255) cACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAgg < 2:882674/150‑1 (MQ=255) tttACTGCGGTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTc < 2:1245776/150‑1 (MQ=255) gTTTTGCATGGCTTAAAAAGGCACGGCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCGGGGTTCACGCAAGt > 2:540261/1‑150 (MQ=255) gTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGt < 1:797164/150‑1 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGt < 2:1514218/143‑1 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGt > 1:1514218/1‑143 (MQ=255) tcgtcgATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCt < 1:47636/110‑1 (MQ=255) tcgtcgATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCt > 2:47636/1‑110 (MQ=255) tcgATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTcccc > 2:634391/1‑150 (MQ=255) ttGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGt > 2:956455/1‑118 (MQ=255) ttGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGt < 1:956455/118‑1 (MQ=255) atgaGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTccac > 1:679814/1‑90 (MQ=255) atgaGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTccac < 2:679814/90‑1 (MQ=255) atgaGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACACAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGt < 2:1417153/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCCGCCGTTCATGCTTACTTAGCTCCACCATTTCTGACATGTGTCACGCAAGTGGATTTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcg < 1:366326/150‑1 (MQ=17) gggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTCGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACa < 1:540261/150‑1 (MQ=255) gggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACa > 2:788212/1‑150 (MQ=255) ggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAtt < 2:1093978/60‑1 (MQ=33) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGc < 1:437454/62‑1 (MQ=255) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGc > 2:437454/1‑62 (MQ=40) gagCGCATGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGCAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgggg < 2:201386/150‑1 (MQ=255) ctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa > 1:151792/3‑116 (MQ=255) ctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa < 2:151792/114‑1 (MQ=255) gcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGTTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcg < 2:952499/136‑1 (MQ=255) gcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcg > 1:952499/1‑136 (MQ=255) ccTGCATGGGATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGa < 1:980122/150‑1 (MQ=255) ccTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGa < 1:1421189/150‑1 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAg > 1:188884/1‑86 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAg < 2:188884/86‑1 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAg > 1:1324793/1‑150 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAg > 2:1552753/1‑150 (MQ=255) ggcatgCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc < 2:1022011/117‑1 (MQ=255) ggcatgCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc > 1:1022011/1‑117 (MQ=255) | ACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAG > NC_002947/2241994‑2242283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |