| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,353,807 | T→A | 6.3% | A256A (GCA→GCT) | PP_2068 ← | multidrug MFS transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,353,807 | 0 | T | A | 6.3% | 235.4 / 6.8 | 80 | A256A (GCA→GCT) | PP_2068 | multidrug MFS transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/36); new base A (3/2); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
CGCACGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGCCTGGCTGGCATGGGCACTGGCGGTTTCCAGGCGCTGCACGGTCGCTGCGTCGTCACGCACCAGGCCACGGTA > NC_002947/2353667‑2353956 | cgcACGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGcc < 2:921878/150‑1 (MQ=255) gcACGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCgg > 1:328207/1‑146 (MQ=255) gcACGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCgg < 2:328207/146‑1 (MQ=255) gcACGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCt > 2:25445/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCGCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtg < 1:1444523/150‑1 (MQ=255) gcggcgCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtggg > 2:1440126/1‑149 (MQ=255) ggcgCTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtggcct > 1:1512359/1‑149 (MQ=255) cgcTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtggccatg < 1:62204/150‑1 (MQ=255) gcTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCt < 2:886980/131‑1 (MQ=255) gcTGGCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCt > 1:886980/1‑131 (MQ=255) ggccggccACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtggccatggcca < 2:600586/150‑1 (MQ=255) gCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAg > 2:259648/1‑150 (MQ=255) gCCGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAg < 1:1323298/150‑1 (MQ=255) cGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCTTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGtt < 1:695587/150‑1 (MQ=255) cGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGtt > 1:1508994/1‑150 (MQ=255) cGACCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTCTTCGCCCTGATCGCCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTGGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGACAGtg > 1:285652/1‑149 (MQ=255) aCCACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTtgt < 2:824583/150‑1 (MQ=255) cACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGtt > 2:541714/1‑146 (MQ=255) cACGCCGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGtt < 1:541714/146‑1 (MQ=255) ccGGTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCTGCGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCACGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGt > 1:521229/1‑150 (MQ=255) gTGATCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGc > 1:572885/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTAGGCCGAGGAGCGACCTGCCGGGACGTTGGCCAGGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTgg < 1:1440126/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGgcgc > 1:467067/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGACTGCCCGGGCCGTGGCCAGGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGgcaa > 2:268574/1‑148 (MQ=255) gcgcgcGGATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCa > 1:536421/1‑150 (MQ=255) gATCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGc < 2:572885/150‑1 (MQ=255) aTCACGGTGTCCTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGcc < 2:395566/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCGTGTTCGTCCTGCTCGGGGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTggg < 2:848188/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTg > 1:1038918/1‑150 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTg > 1:434988/1‑150 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTg > 1:1313481/1‑150 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCCGGGCAGCCCAGGccgaggc > 2:269096/1‑97 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCCGGGCAGCCCAGGccgaggc < 1:269096/102‑6 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCCGGGCAGCCCAGGccga > 1:1383519/1‑97 (MQ=255) cTGTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCCGGGCAGCCCAGGccga < 2:1383519/99‑3 (MQ=255) gTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCa > 1:106034/1‑150 (MQ=255) gTTCGTCCTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGCGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCa < 1:108627/150‑1 (MQ=255) gcGTCCTGCTCGGCGAGCGGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTGGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCGGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTCCTGGCGCAGCGCGGCCTCGGGACCTTGCAgc < 2:521229/149‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGc > 2:597116/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCtt < 1:260478/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTTGTCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTtgt < 1:297971/150‑1 (MQ=255) cGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTtgtg > 2:903343/1‑150 (MQ=255) cGGCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTtgtg > 2:380195/1‑150 (MQ=255) ggCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtg > 1:1319953/1‑85 (MQ=255) ggCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTtg < 2:1319953/85‑1 (MQ=255) gCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGcc > 2:948573/1‑150 (MQ=255) gCGAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGcc < 2:434988/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCTGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGCctg > 2:233323/1‑150 (MQ=255) gctgctGGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGCctggc < 1:597116/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAGCGCGGCTTGTGCctggctg > 1:1586986/1‑150 (MQ=255) gctgGTGGGCCTGGGCGCGTGCCAGGGCCGCTGCCCGTTGTTGCAGCTCGGCCTCGGCCTGGGCTGCCCGGGCCTTGGCCATGGCCAGTTGTGAGCGTTGCTGGCGCAGCGCGGCCTGGGCACCTTGCAgcgc > 1:643797/1‑133 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |