| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,408,414 | A→C | 6.2% | V65G (GTG→GGG) | PP_2111 ← | aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,408,414 | 0 | A | C | 6.2% | 168.6 / 2.4 | 58 | V65G (GTG→GGG) | PP_2111 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/23); new base C (2/2); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
GACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATCAACCGCTGC > NC_002947/2408281‑2408557 | gACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCCC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTc > 2:1444563/1‑150 (MQ=255)gACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCg > 1:552928/1‑143 (MQ=255)gACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCg < 2:552928/143‑1 (MQ=255) cTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGTGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTg < 1:1189293/150‑1 (MQ=255) gttgttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGgcg > 1:1211742/1‑150 (MQ=255) gttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCAc > 2:475242/1‑150 (MQ=255) ttATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCAcc > 2:1447382/1‑150 (MQ=255) tCGAACATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAgg > 2:605874/1‑150 (MQ=255) gAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGtt < 2:1211742/150‑1 (MQ=255) aaaTGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTtgt < 1:1444563/150‑1 (MQ=255) ggggTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTgtgcggt < 1:1447382/150‑1 (MQ=255) aCATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGccc < 2:367614/150‑1 (MQ=255) aTAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGt > 2:935354/1‑150 (MQ=255) ccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTcgcg > 2:209682/1‑150 (MQ=255) ccAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAA‑ATCTG‑GGGAAAGACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTcgcg > 1:1335566/1‑150 (MQ=255) cAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCgg < 1:475242/150‑1 (MQ=255) aGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCa > 2:1139987/1‑92 (MQ=255) aGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCa < 1:1139987/92‑1 (MQ=255) tAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTg > 2:426016/1‑150 (MQ=255) cGCCGGACTTGCCGCTGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGGGGGTTT‑CAACGTTCCA‑TGCAAACCTGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCNCACCAGNTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCAc < 1:935354/150‑1 (MQ=255) cTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAacac < 2:836148/72‑1 (MQ=255) cTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAacac > 1:836148/1‑72 (MQ=255) gCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGAt > 2:314956/1‑150 (MQ=255) cGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGtt > 2:1311818/1‑98 (MQ=255) cGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGtt < 1:1311818/98‑1 (MQ=255) cTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATc < 1:314956/150‑1 (MQ=255) ttGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCg > 1:491984/1‑150 (MQ=255) aCGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTg > 2:855232/1‑150 (MQ=255) aCGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTg < 1:605874/150‑1 (MQ=255) aTACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAg < 1:209682/150‑1 (MQ=255) tACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGTGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGt > 2:1266861/1‑150 (MQ=255) cccATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATATCGATAAAGGCATCGTGGCAGTAg < 2:1335566/150‑1 (MQ=255) ccATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGt > 1:1097473/1‑97 (MQ=255) ccATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGt < 2:1097473/97‑1 (MQ=255) ccATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAgg > 2:500469/1‑150 (MQ=255) ccATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAgg > 2:1473134/1‑150 (MQ=255) aTCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCa < 1:12139/143‑1 (MQ=255) aTCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCa > 2:12139/1‑143 (MQ=255) aCGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACgg > 2:1310564/1‑45 (MQ=255) aCGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACgg < 1:1310564/45‑1 (MQ=255) gCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCgggg < 1:1603004/59‑1 (MQ=255) gCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCgggg > 2:1603004/1‑59 (MQ=255) cccTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTg > 1:260528/1‑150 (MQ=255) tGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCg > 1:399737/1‑150 (MQ=255) ttGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGTGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTg < 1:1266861/150‑1 (MQ=255) gtGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTg < 2:139048/149‑1 (MQ=255) gccgtgTTTGCC‑C‑ATATGTGGCAAACCCGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTgg > 2:306753/6‑150 (MQ=255) ggTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGt > 2:989803/1‑150 (MQ=255) ccAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCAc < 1:1092402/89‑1 (MQ=255) ccAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCAc > 2:1092402/1‑89 (MQ=255) ccAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGAt > 2:579745/1‑150 (MQ=255) ccc‑aTATGTGGCAAACCCGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCa < 2:847561/112‑1 (MQ=255) ccc‑aTATGTGGCAAACCCGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCa > 1:847561/3‑114 (MQ=255) gCAAACACGGCAGGCGGTCCGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATCAACCgctgc > 2:1381504/1‑150 (MQ=255) cAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAg < 1:472423/104‑1 (MQ=255) cAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAg > 2:472423/1‑104 (MQ=255) aaaCACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTg < 1:1346628/127‑1 (MQ=255) aaaCACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTg > 2:1346628/1‑127 (MQ=255) aaaCACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTg > 2:529146/1‑133 (MQ=255) aaaCACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCATCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTg < 1:529146/133‑1 (MQ=255) acacGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATc < 2:790997/110‑1 (MQ=255) acacGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATc > 1:790997/1‑110 (MQ=255) cacGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGga < 2:219143/132‑1 (MQ=255) cacGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACGGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGga > 1:219143/1‑132 (MQ=255) | GACAACCTGGTTGTTATCGAAAATGGGGGTGACATAGGCGTTGACCCAGTAATGGTCGCCGGACTTGCAGCGGTTCTTGACGATACCCATCCACGGCTGGCCCTGCTTGAGGGTTTGCCAC‑ATATG‑GGCAAACACGGCAGGCGGTACGTCGGGGTGGCGCACCAGGTTGTGCGGTGCGCCCGTCAGCTCCTCGCGGGTGAAACCACTGATTTCGATAAAGGCATCGTTGCAGTAGGTGATCACACCCTTGGCGTTGGTAGTGGAGATCAACCGCTGC > NC_002947/2408281‑2408557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |