| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,061,720 | T→C | 5.6% | A595A (GCA→GCG) | qedH‑I ← | quinoprotein ethanol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,061,720 | 0 | T | C | 5.6% | 216.5 / 2.5 | 72 | A595A (GCA→GCG) | qedH‑I | quinoprotein ethanol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/32); new base C (2/2); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
AACGGGGAGGGGCGCAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTGAAGAAGCCG > NC_002947/3061574‑3061861 | aaCGGGGAGGGGCGCAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACCCCCAGAACGAACCACCCTC‑CGCCACCGGTTTGGTCGGGTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCa < 1:1266362/150‑1 (MQ=255) gAGGGGCGCAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCAAGAGAATCGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCAccgccg > 1:1334230/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGACCG‑ACGACGCGGTACCCACCGGTTGGGGCAGCTAGGAAAAGACGCGGCCCGTTTGCTGGACGGCACCGCCGTAGcc > 1:29362/1‑150 (MQ=255) gcAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCa > 2:1590583/1‑150 (MQ=255) cccACTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCg > 1:27491/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGa < 1:1270451/150‑1 (MQ=255) aGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTg < 2:1150680/150‑1 (MQ=255) gTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACg < 2:145819/131‑1 (MQ=255) gTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACg > 1:145819/1‑131 (MQ=255) gTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCt > 1:1133325/1‑150 (MQ=255) gTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCt > 1:630070/1‑150 (MQ=255) aCGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCAccg > 2:1255514/1‑115 (MQ=255) aCGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCAccg < 1:1255514/115‑1 (MQ=255) tgtgCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTcc < 1:128573/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCAGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCt > 2:215339/1‑150 (MQ=255) cTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGGTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCa > 1:806107/1‑150 (MQ=255) ttgttgTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAg < 1:72171/150‑1 (MQ=255) ttgttgTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAg < 2:1133325/150‑1 (MQ=255) gttgtCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCAGCTCGCACCCGAACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGt > 1:779035/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCAcc < 1:1292404/93‑1 (MQ=255) ccAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCAcc > 2:1292404/1‑93 (MQ=255) aGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGggcg > 1:331648/1‑150 (MQ=255) gCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGc > 2:786903/1‑121 (MQ=255) gCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGc < 1:786903/121‑1 (MQ=255) cTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGggcggc < 2:1569513/150‑1 (MQ=255) cTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGggcggc < 2:85467/150‑1 (MQ=255) tCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATg > 1:1405311/1‑113 (MQ=255) tCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATg < 2:1405311/113‑1 (MQ=255) ggATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCgaga > 1:926337/1‑150 (MQ=255) tGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGc < 2:331648/150‑1 (MQ=255) aaCACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTCCTGCACCGCCGTAGCCCACg < 2:881529/90‑1 (MQ=255) aaCACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACg > 1:881529/1‑90 (MQ=255) 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(MQ=255) accaccCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGaa > 2:902864/1‑150 (MQ=255) ccaccCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAAc < 2:926337/150‑1 (MQ=255) cccTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTAc > 1:1011265/1‑87 (MQ=255) cccTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTAc < 2:1011265/87‑1 (MQ=255) cccTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTc > 2:781046/1‑150 (MQ=255) cTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCca < 1:1396634/150‑1 (MQ=255) ccACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAg < 2:857018/148‑1 (MQ=255) ccACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAg > 1:857018/1‑148 (MQ=255) ccGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCtt > 2:707660/1‑150 (MQ=255) cGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCttt < 2:29362/150‑1 (MQ=255) tttGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGcc > 1:192562/1‑150 (MQ=255) gTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGa < 2:455335/94‑1 (MQ=255) gTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGa > 1:455335/1‑94 (MQ=255) gTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTc > 2:769002/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCt > 2:854832/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACCGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTgg > 1:127065/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACCGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTgg > 1:127096/1‑150 (MQ=255) ggCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAg < 2:1200979/82‑1 (MQ=255) ggCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAg > 1:1200979/1‑82 (MQ=255) gCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCg > 2:1355359/1‑150 (MQ=255) cATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGaa < 2:779035/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAgg < 1:1590583/150‑1 (MQ=255) gccgccCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCGCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCtt > 1:1524606/1‑150 (MQ=255) cgccCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTga > 2:703683/1‑150 (MQ=255) 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ccACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTgaagaa < 1:769002/150‑1 (MQ=255) ccACAGCGGTACCGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTgaagaa < 2:127096/150‑1 (MQ=255) ccACAGCGGTACCGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTgaagaa < 2:127065/150‑1 (MQ=255) cacaGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTGaagaag < 1:854832/150‑1 (MQ=255) aGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTGAAGAAGCCg > 1:1034141/1‑150 (MQ=255) | AACGGGGAGGGGCGCAGGCCGCTCCCCGCTGCAGGTCAACGTTGTGCAGTCTTGTTGTCCCAGCTCGGGATCTTGAACACCCAGAACGAACCACCCTG‑AGCCACCGGTTTGGTCAGCTCGGCCATGTCGCCGCCCCACAGCGGTACTGCACCGCCGTAGCCCACGGTCACGCCGATGTACTGCTCGCCGTCCTGCTCCCAGGTGATGGGCGGCGAGACGATGCCGCTGCCGGTCTGGAACTTCCACAGCTCTTTGCCCGTCTTGGCGTCGAAGGCCTTGAAGAAGCCG > NC_002947/3061574‑3061861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |