| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,602,918 | G→C | 6.6% | S94T (AGT→ACT) | garK → | glycerate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,602,918 | 0 | G | C | 6.6% | 192.0 / 5.1 | 62 | S94T (AGT→ACT) | garK | glycerate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/28); new base C (2/2); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
GCGAAGGCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAACGATGCCGGCAG > NC_002947/3602771‑3603065 | gCGAAGGCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg < 2:1434161/150‑1 (MQ=255)gCGAAGGCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg < 1:485904/150‑1 (MQ=255) aaGGCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGcc < 2:17618/150‑1 (MQ=255) gCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGc < 1:916249/150‑1 (MQ=255) tGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTTGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAgg < 2:231002/150‑1 (MQ=255) aGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGc > 2:476730/1‑150 (MQ=255) aGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGc < 1:1375897/150‑1 (MQ=255) gATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCGCTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGGTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAAc > 1:900381/1‑150 (MQ=255) aTCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg > 1:1046599/1‑130 (MQ=255) aTCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg < 2:1046599/130‑1 (MQ=255) tGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGGGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCGGTGGCCTGCAAGAGGTGCCAACAGGcc > 2:220148/1‑150 (MQ=255) gCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTCCCGGTTAGTCGCACCGCTACCAGCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATg < 1:1434891/150‑1 (MQ=255) ggTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGc < 2:135969/150‑1 (MQ=255) gccAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCt > 1:490005/1‑150 (MQ=255) ccAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcagcagca > 2:607381/1‑146 (MQ=255) ccAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcagcagca < 1:607381/146‑1 (MQ=255) cAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTgg < 1:983683/150‑1 (MQ=255) aGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg < 2:541919/96‑1 (MQ=255) aGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTg > 1:541919/1‑96 (MQ=255) aGAACGTGCGCGGGCCACTCGAGGAAACCGTGCAGGCTGGCCGGGCCTGCGTGCCTCAAATTGTCGCCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCACCAGGCCAACGCGACGGTTGCAGCACCAGCACCTggg > 2:17203/1‑150 (MQ=255) gACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTgggg > 2:1316574/1‑150 (MQ=255) ggCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAAc < 1:1316574/150‑1 (MQ=255) ccACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTg < 2:1632187/150‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCCGCCCAATAGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGAt > 1:197319/1‑150 (MQ=255) gTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCg > 1:1077353/1‑131 (MQ=255) gTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCg < 2:1077353/131‑1 (MQ=255) tACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcag > 2:162122/1‑113 (MQ=255) tACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcag < 1:162122/113‑1 (MQ=255) tggctggGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCgg > 2:201667/1‑150 (MQ=255) ctggggctggTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGgcgc > 1:1527623/1‑150 (MQ=255) ctggggctggTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGgcgc > 2:1555775/1‑150 (MQ=255) gctggTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGc > 2:992569/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAAc < 2:267299/113‑1 (MQ=255) gTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAAc > 1:267299/1‑113 (MQ=255) gTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCgtgt < 2:110389/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGtgtg < 2:1527623/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcagc < 1:1603679/86‑1 (MQ=255) cGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCgcagc > 2:1603679/1‑86 (MQ=255) cGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGc > 1:272968/1‑150 (MQ=255) gCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCt < 1:4596/150‑1 (MQ=255) cAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTg < 1:915205/150‑1 (MQ=255) tCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCAt > 1:53831/1‑150 (MQ=255) gCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTg < 1:1231865/85‑1 (MQ=255) gCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTg > 2:1231865/1‑85 (MQ=255) gCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATcg < 1:476730/150‑1 (MQ=255) aCCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATcggc > 2:1527875/1‑150 (MQ=255) aCCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACCGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATcggc < 1:224093/150‑1 (MQ=255) cGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATcggcgg < 2:197319/150‑1 (MQ=255) aaTCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTCGAGGGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAg > 1:1278075/1‑150 (MQ=255) tcatcGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTAc < 1:1053969/82‑1 (MQ=255) tcatcGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTAc > 2:1053969/1‑82 (MQ=255) tcatcGAAAAGGAAAAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAgcg > 2:482384/1‑150 (MQ=255) tcGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGcca > 1:1256241/1‑150 (MQ=255) tcGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGcca > 1:1075619/1‑150 (MQ=255) ctgttgcAGGCCACTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAAc > 2:1285044/7‑150 (MQ=255) ttgcAGGCCACTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCg > 1:738070/4‑88 (MQ=255) ttgcAGGCCACTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCg < 2:738070/85‑1 (MQ=255) ccAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTgg > 2:579497/1‑64 (MQ=255) ccAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTgg < 1:579497/64‑1 (MQ=255) ccAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAACGATGc > 2:303373/1‑150 (MQ=255) cAGGCCACTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAACGATGcc < 1:1285044/150‑1 (MQ=255) cAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAACGATGCCGGCAg > 2:1646461/1‑150 (MQ=255) | GCGAAGGCACCATGGAGGTGATCCTGGCCGCCAGCCGCGGTGAATTGCGCCGCCAGACCGTGCGCGGGCCACTGGGGCAGTACGTCGAGGCTGGCTGGGGCTGGTTGCCGCAAAGTCGCACCGCAATCATCGAAATGGCCCAGGCCAGTGGCCTGCAACAGGTGCCAACAGGCCAACGCGATGCTTGCCGCAGCAGCACCTGGGGTACCGGTGAACTGATTGCCGCAGCTCTCGACGCCGGCGCCCGGCGTGTGGTGCTGGCCATCGGCGGCAGCGCCACCAACGATGCCGGCAG > NC_002947/3602771‑3603065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |